元朝末年，以红巾军为首的大起义，摧毁了元朝的统治。之后，朱元障建立明朝，元朝灭亡。元朝末代皇帝妥欢帖木尔（元顺帝）退往上都，以后的一段时期，史称“北元”。由于北元与明朝南北对立，双方为争夺正统地位而进行连绵不断的战争，蒙古族一些地区是双方拉锯的主战场，破坏更加严重;加之在明朝的军事和政治双重压力下，蒙古族部族军民或被迫纷纷北迁，或络绎南降明朝，大批劳动力在战争中死伤，使得蒙古一些地区的蒙古族人口锐减。明朝为防止蒙古贵族南下，对蒙古族聚居区实行经济封锁，将大批塞外从事农业、手工业的居民迁入塞内，禁止汉人出塞，蒙汉之间正常的经济交往基本中断了。战乱使蒙古族原有的农业破坏殆尽，农田荒芜，城镇、村庄被毁;封锁使蒙古族缺乏原料、工具、技术和专业人员，原有的手工业、商业也衰落了，蒙古族又退回到单一的游牧经济，而且由于战争、自然灾害并缺乏市场，畜牧业也处于凋敝状态。接连不断的内外战乱，缺乏和平安定的环境，蒙古族与周围各族间不可能正常地交往，可以说生活在饥寒交迫之中，绝大多数蒙古族领主为解决自己的困境，或加重对属民的剥削，或发动对外部的掠夺战争，或内部互相“刁抢”，都不能从根本上改善明代蒙古族的经济状况。残酷的剥削迫使属民逃亡或反抗，战争又给生产造成了更大破坏。总体来说，明初蒙古族经济是衰退的。　　 从15世纪中后期开始，随着蒙古族聚居地区的相对统一，南北经济交流的闸门开启，畜牧业渐渐得以恢复发展。尽管内战并未完全结束，但相互间的火并，已大为减少。相对和平稳定的环境，使蒙古族经济得以休养生息并进一步恢复和发展。其主要表现，一是达延汗通过统一战争以及分封诸子等方式，形成了较为稳定的政治环境，推动了蒙古族经济的复苏，二是俺答汗通过多次积极求贡，进而封贡成功，实现了南北经济正常交往，促进了蒙古族经济的发展;三是通过丰州川板升的建设，明代蒙古族半农半牧型经济逐渐形成。　　 明代蒙古族经济制度系封建领主为了建立、维护和发展有利于其统治的经济秩序，而确认或创设的各种有关经济问题的规则和措施的总称。明代蒙古族经济仍然是封建领主制经济，并且是其继续深化发展的时期，明代蒙古族经济制度在其内容上体现了这一特征。明代蒙古族经济，因政治、历史、地理环境等各方面的原因，发展是不平衡的，但都以畜牧业为主，辅之以狩猎、手工业和其他副业，部分地区有农业。此外，黄教在蒙古族内部逐渐取代萨满教并广泛传播，进而产生了寺院经济。　　 明代蒙古族与其他民族间的经济关系是这一时期经济史的重要内容。元朝时形成了蒙古高原和中原地区广泛的经济交流，促进了经济发展。太祖洪武年间，北元与明朝双方剑拔弩张，战争绵延，蒙古族与中原地区的经济联系基本上被人为地切断了，南北方统一市场被破坏了。明成祖后，蒙古族与明朝的经济关系进入了艰难的恢复期。直到俺答封贡后，这种经济关系得到了进一步发展并逐渐进入了全盛发展期。此外，明代蒙古族还与西域各民族、回族等保持着经济联系。