产业知识基础是研究区域创新的一个新视角,区域创新的实质在于知识或技术的产生、扩散与利用,而在区域创新的知识配置中,知识基础是最重要的因素,知识基础又会因产业不同而在本质上不同,因而产业知识基础从本质上影响区域创新。产业集聚能够促进生产要素的重新组合,实现区域资源的有效配置,对区域创新具有重要的推动作用,反过来,增强区域创新能力能够促进区域产业结构的调整和优化,是提高区域产业集聚能力的重要途径,从产业知识基础的角度出发研究产业集聚和区域创新能力之间的互动关系是本文的核心内容。本文在借鉴国内外最新研究成果的基础上,结合我国国民经济行业分类对解析型与合成型知识基础进行了产业划分,采用区位商分析方法对我国31省市以及东、中、西部地区1997-2011年解析型与合成型知识基础产业的集聚度进行了定量测度,然后建立综合评价指标体系,运用主成分分析法对我国区域创新能力进行了定量评价,最后采用面板数据回归模型对不同类型知识基础产业集聚度与区域创新能力之间的互动关系进行了实证分析。结果表明：东部地区是解析型与合成型知识基础产业的集聚高地,同时也是我国区域创新能力最强的地区,中西部地区与之梯度差异十分明显；解析型与合成型知识基础产业的集聚与区域创新能力的分布格局均与我国环渤海、长三角与珠三角三大城市群的分布格局相吻合；对我国31省市整体而言,解析型与合成型知识基础产业集聚度与我国区域创新能力之间存在显著的双向互动关系；东、中、西部地区不同类型知识基础的产业集聚与区域创新能力之间的互动关系存在较明显的地区差异,东部地区解析型与合成型知识基础产业集聚与区域创新能力之间均存在显著的双向的互动关系,中部地区合成型知识基础产业集聚与区域创新能力之间存在显著的双向互动关系,西部地区两种产业知识基础集聚与区域创新能力之间均不存在显著的双向互动关系,但其区域创新能力对合成型知识基础产业集聚有显著的单向正影响。针对实证中发现的问题,本文就如何促进不同知识基础的产业集聚与区域创新能力之间的互动提出了相应的政策建议。