虽然小RNA的研究发展很快，但是一直到现在，还不清楚人体内究竟存在多少小RNA、多少种类的小RNA。通过一种新的综合的方法，我们发现了一类新的存在于人类基因intron内的小RNA-shRNA。这类小RNA与RNAi技术中导入的外源性的shRNA结构高度相似，介于内源性siRNA和miRNA之间，即具有比较短的完全互补的stem的茎环结构。大部分shRNA不保守，茎环的长度分布很广泛，能量值很低，非常稳定，不同种类的shRNA在序列上具有不同的特征，但与miRNA在序列特征上有很大的差异。它们在10种不同组织、不同时间内表达不一样，而且表达量很低，很难通过一般的芯片、qRT-PCR和克隆技术检测到。通过杂交和新的克隆测序的方法，我们验证了4条成熟的shRNA序列。采用最新的测序技术-solexa测序，共有1250个预测的shRNA得到验证。它们的产生与Dicer相关。通过靶基因预测与生物学实验发现，这类小RNA不仅在结构上介于siRNA和miRNA之间，在功能上也介于siRNA和miRNA的之间，既可以切割靶基因，也可以抑制靶基因的转录或者翻译，而且具有调节repeat的功能。我们的数据充分说明这种结构的内源性shRNA像其它小RNA一样在调节基因表达方面具有重要的作用，而且很有可能也存在于基因组其他位置和其他物种内。我们的数据也说明RNAi技术能够有效的抑制靶基因的表达是有其内在机制的。