较传统民事客体而言,知识产权的客体具有无形性的特征,使得侵犯知识产权案件呈现侵权手段多样、侵权行为广泛、侵权方式隐蔽、侵权证据难以固定的特点。基于公证机构的公信力,知识产权权利人在自身难以取证的情况下转而通过公证机构提取、固定证据,公证机构所保全的证据因法律直接赋予了其较高的证明力,在知识产权司法保护中发挥了重要作用。然而,当前知识产权司法实践中,瑕疵公证证据屡见不鲜,在证据资格层面上,难以满足《民事诉讼法》对证据的“三性”要求,常常受到合法性、真实性的质疑;在证据证明力的层面上,难以达到高度盖然性的证明标准。导致知识产权民事诉讼中出现了瑕疵公证证据能否直接适用、瑕疵公证证据的效力如何认定的困境,还造成了不同地域、不同级别的法院在认定瑕疵公证证据效力方面的争议。一方面,冲击了公证证据的公信力;另一方面,也致使法院在审理案件的过程中不能直接适用有瑕疵的公证证据。尤其是对存在重大瑕疵的公证证据甚至直接予以否定,不仅极大损害了权利人的合法权益,也不利于发挥公证证据助推司法审判的作用。文章通过分析现有涉公证证据的知识产权典型案例,对公证证据的瑕疵表现进行梳理,主要包括程序上的瑕疵和实体上的瑕疵。程序上的瑕疵包括超越地域管辖、不以当事人名义申请公证、公证书的出具超过法定期限、网络公证未做清洁性检查、公证书未签章、笔误等;实体上的瑕疵包括公证地点与实际地点不符、实物封存问题、公证书日期与公证日期不一致等。瑕疵公证证据产生的原因包括,现有公证法律法规立法漏洞,缺失具体的知识产权公证办理规则,知识产权商业维权的批量取证以及公证机构利益驱动、公证员的自身原因等。为解决瑕疵公证证据带来的司法适用难题,文章从司法实践和公证实践提出了如下建议:一方面,在瑕疵公证证据的适用上,法院应当就证据资格以及证据证明力,审慎认定瑕疵公证证据效力;另一方面,在规范公证证据上,立法层面应制定知识产权公证规则,公证机构层面应严格依照公证程序进行公证,权利人层面应积极配合公证活动的开展,配套措施层面可以建立司法机构与公证机构的衔接机制、配备专业的知识产权公证队伍等。通过提出上述建议,以期规范知识产权民事诉讼中公证证据,解决瑕疵公证证据在司法实践上的适用困境,充分发挥其在知识产权司法审判的作用,推进知识产权维权的有序,保护知识产权权利人的合法权益。