牡丹(Paeonia suffruticosaAndrews.)花大形美，色艳香浓，不仅具有很高的观赏价值，而且还有极高的药用价值。其种质资源极为丰富，种质资源的保存和评价是其利用的重要前提，其分子水平上的遗传多样性研究已取得了较大进展。但是，在揭示种间、种内及品种群间遗传关系和栽培牡丹起源问题上并未取得一致性结论。因此，开发适用于牡丹的EST-SSR标记应用于牡丹遗传图谱的构建、物种间亲缘关系鉴定、辅助育种等方面具有重要意义。　　利用公共数据库中数量增加的表达序列标签(expressed sequence tag,EST)资源来开发微卫星分子标记(Simple Sequence Repeat，SSR)已广泛地应用在许多动植物的基因组分析。EST-SSR是通过对EST序列进行分析，找到含有重复单元的位置，在两侧设计引物而开发得到的，因此，EST-SSR反映基因的编码部分，可直接获得基因的表达信息，并可对一些重要性状进行直接鉴定。　　本研究利用NCBI数据库中牡丹EST序列信息，在了解牡丹EST的SSR信息的基础上，首次建立了牡丹EST-SSR标记，同时利用筛选出的29对引物对55份牡丹品种亲缘关系进行了探讨。研究结果如下：　　1.首先对NCBI数据库下载获得的2204条牡丹EST序列进行比对，去冗余后得到1658条牡丹EST序列，然后利用MISA软件对这些序列进行筛查，结果在其中901条EST序列中发掘出1111个SSR，出现频率为67.00％，平均分布距离为1004bp。在牡丹EST-SSR中，单核苷酸重复是最主要的重复类型，其次是二核苷酸重复和三核苷酸重复，四核苷酸重复和六核苷酸重复分布极少，没有五核苷酸重复。A/T、AG/CT和AAG/CCT是单、二和三核苷酸中优势重复类型，分别占单、二和三核苷酸重复的98.19%、83.78%和35.71%。　　2.从筛选出的901条可利用的EST-SSR序列中随机选取部分序列，利用Premier3.0软件，依据引物设计原则，共设计出牡丹EST-SSR引物29对。　　3.选择“洛阳红”为试材，对这29对引物进行 PCR扩增，再利用0.80%的琼脂糖凝胶电泳进行引物筛选，以条带的多态性和稳定性为标准筛选出条带清晰、多态性较好的13对引物。共检测出等位基因位点68个，每对引物等位基因位点数的变化从2到7不等，平均每对引物位点数是4.5，总的多态性比率为85.30%。　　4.分别用这13对引物对55份牡丹品种进行基因组DNA扩增，用8.00%的聚丙烯酰胺凝胶电泳进行检测，对扩增的条带结果进行统计，并利用NTSYS2.0软件计算其遗传相似系数，55份牡丹品种的相似系数的变化分布在0.53-0.95间。由结果可知：供试牡丹种质资源间的遗传变异比较大，品种间的遗传多样性较高。利用UPGMA法构建聚类树状图，在遗传距离0.53处将55个牡丹品种划分为两个遗传聚类组。第一聚类组包括11个中原品种和3个法国品种，且两个法国品种金阁和金帝首先聚在一起，其余品种均被划分在第二聚类组中。在遗传距离为0.64处可将第二聚类组分为2个亚组，其中8个江南品种全部聚在第一亚组。在遗传距离为0.68处，又可将第二亚组分为4个组，其中多数中原品种、西北品种、日本品种、美国品种分别相聚，且7个日本品种和5个美国品种聚在一起，表现出较近的亲缘关系，但也存在部分产地相同没有聚在一起的现象，这基本反映了牡丹品种间的地域差异，进而为牡丹育种亲本选择提供科学的依据。