基于文本挖掘方法和组分向量方法构建骨质疏松症遗传相关基因网络

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基于骨质疏松症的遗传相关基因构建复杂网络,总共构建4个网络。第一个网络是利用cytoscape软件和插件Agilent Literature search进行文本挖掘构建的。这个网络包含872个节点,2149个边。第二,三,四个网络,是基于前一种挖掘出来的872基因名,在NCBI数据库中找出基因序列,搜索出833个基因序列,再利用组分向量方法得到的。应用组分向量的方法把基因序列的符号序列转化数值序列。由于基因序列的组成具有随机性,利用动力学语言模型去掉随机性。这样得到的数值序列,再应用关联系数得到邻接矩阵,在此基础上构建出对应不同字符串长度k的三个网络。在这四个网络中,节点度按照从大到小的顺序排列,比较前50个,发现重复的次数最多的两个基因btf3l1,nog与骨质疏松症密切相关。这两个基因已有文献报道。
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