本论文分包括两部分。在第一部分中,我们结合目前对HA与受体相互作用机制的了解,针对现有研究手段的不足之处,发展了利用HA受体结合区的结构口袋特征区分人流感和禽流感的方法。在第二部分中,我们通过对细菌RNase PRNA亚基和蛋白质亚基序列的分析,对RNA亚基和蛋白质亚基的共进化现象进行了研究。　　 流感病毒每年都对人类健康造成巨大威胁。流感HA蛋白与宿主细胞表面的受体相互作用从而吸附到细胞表面,是流感感染宿主的第一步。禽类呼吸系统细胞表面的糖链主要是以α-2,3方式连接到唾液酸上,人类呼吸系统细胞表面的糖链主要是以α-2,6方式连接到唾液酸上。一般认为,禽流感倾向于结合α-2,3类受体,人流感倾向于结合α-2,6类受体。到目前为止,对于流感HA与受体特异性结合的具体机制,了解的并不是很清楚。结合目前对HA与受体相互作用机制的了解,针对现有研究手段的不足之处,我们发展了利用HA受体结合区的结构口袋特征区分人流感和禽流感的方法。该方法不仅能够快速、准确地区分人流感和禽流感,而且对流感病毒与受体特异性结合的机制给出了具体明确的解释。同时,该方法找到了所有人流感、禽流感的整体差异,从而将所有亚型的人流感、禽流感从整体上区分开来,而不是局限于在每个亚型内部区分开来。　　 核糖核酸酶P(RNase P)是第一个被发现的核酶,主要功能是催化tRNA前体形成成熟的tRNA。RNase P广泛存在于真细菌、古细菌及真核生物三大类群的所有物种中。RNase P由RNA亚基(RPR)和蛋白质亚基(RPP)两部分组成。RPR起主要催化作用,在特定条件下具有独立催化能力,但在生理条件下,RPR必须有RPP的辅助才能行使催化功能。随着物种的进化,RPP在RNase P中占的比重越来越大。我们通过对细菌RNase P的RPR和RPP序列的分析,找到了RPR和RPP的分子大小、带电量等特征存在共进化的明确证据,给出了RPR和RPP相互作用的机制,揭示了RPR和RPP的进化趋势。