乌拉尔图小麦基因组测序及普通小麦miRNA的研究

来源 :中国科学院研究生院 中国科学院大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:engineer2007
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
普通小麦是世界上最重要的粮食作物之一,其基因组是异源六倍体(AABBDD),基因组庞大且复杂,普通小麦的基因组测序计划开展过程中困难较大,进展缓慢。乌拉尔图小麦是普通小麦A基因组的供体物种。通过测定乌拉尔图小麦基因组序列可以很好的解析普通小麦A基因组的遗传信息。普通小麦基因组的A、B、D三套基因组基因相似性较高,通过对A基因组的解析可以很大程度上了解普通小麦整个基因组的遗传信息。   我们用全基因组鸟枪法对乌拉尔图小麦G1812进行了全基因组测序,共计获得了453.11 Gb的有效测序数据,相当于91 X的基因组覆盖度,对这些数据进行了组装,得到了4.66 Gb基因组序列,约占整个基因组序列的93.4%,首次绘制出了乌拉尔图小麦的基因组序列图谱。在完成基因组组装后,对组装出的基因组序列进行注释,得到2.4 Gb重复序列,约占整个基因组的51.67%,其中绝大部分是LTR序列;注释出了27,888个基因,其中2,211个基因为乌拉尔图小麦特有。在60 Mya,乌拉尔图小麦发生了一次全基因组复制事件。乌拉尔图小麦与二穗短柄草的分化发生在距今20.5 Mya。   通过测定普通小麦不同时期不同处理不同组织中miRNA的表达情况,在普通小麦中,共鉴定出639个miRNA,其中缺氮和缺磷诱导表达的分别为522个和317个。miRNA的表达具有组织特异性,在正常生长的条件下,叶中特异表达的miRNA比根和种子中特异表达的miRNA更少。灌浆期的叶和幼苗期的根对缺氮环境较为敏感,前者在缺氮时特异表达的miRNA显著增加,而后者在缺氮时特异表达的miRNA种类显著减少。相对而言,种子在缺氮胁迫时miRNA的表达没有显著变化,暗示叶比种子对缺氮条件更敏感。在缺磷条件下,灌浆期的种子中miRNA的表达种类显著降低。对不同条件下miRNA聚类分析表明,缺氮条件下,细胞很可能会表达另一些miRNA来响应环境变化,而缺磷条件下,细胞会减少大量的miRNA的表达来适应环境。
其他文献
杂种优势在作物育种中的应用大幅提高了作物产量,但其分子机理有待深入研究。最近的研究表明,表观遗传的变化与杂种优势关系密切,其中甲基结合蛋白是表观遗传调控过程中的一
血细胞在昆虫免疫中具有重要作用,昆虫血细胞的形态多种多样,在不同的发育龄期细胞的形态数量,以及中间类型细胞及凋亡物质等都不尽相同,同时对应的生理,生化等功能也不同。
学位
本文主要对开口腔体结构的散射机理及各种计算开口腔体散射的方法进行了介绍和讨论,分析了各算法的优缺点。着重对开口腔体电磁散射计算的复射线展开(CRE)法和迭代物理光学(IPO)法进行了讨论和研究。复射线展开法成功利用复源点产生的场拟合出了平面波,通过射线追踪求解出了轴向场,并利用近轴近似法计算远区场,最终求得开口腔体的RCS。在利用迭代物理光学法计算简单腔体结构的RCS时,本文成功的引入了有限元中的
人类QSOX家族巯基氧化酶QSOX1b的催化反应机理和分子内部电子传递链二硫键对分泌蛋白和膜蛋白的结构稳定和功能至关重要。真核细胞中,二硫键的形成主要在内质网中进行,一般认
随着隐身技术的发展,降低天线的雷达截面(RCS)己经成为一个关键课题。本论文结合“十五”国防科技预研重点项目“机载导航及电子战天线RCS减缩控制技术研究”,主要从带内同极化
“有效教学”既是一种理念,又是一种策略,作为一种理念,“有效教学”始终致力于教学效益的提高,作为一种策略,“有效教学”表现为教学者为提高教学效益而采用的一系列具体的行为方
草地资源是全球陆地植物资源中极其重要的可再生自然资源,也是发展畜牧业的物质基础,草地资源的质、量特征和时空分布规律是资源科学的重要研究内容之一。草地具有调节气候、
细胞周期的调控是生物学研究的重要问题之一,其与肿瘤的发生密切相关。细胞周期受CDK激酶复合物调控。本论文围绕CDK1和CDK2探讨了他们在细胞周期调控中的作用。本论文包括两
拼接式等离子体显示器(Title Screen Plasma Display Panel,TSPDP)具有画面质量高、视角宽、体积小、可无缝拼接等特点,是实现超大屏幕显示的首选器件,在公共信息显示领域有