目前，我国的水污染仍相当严重。为改善水环境，必须加强水污染审计的理论研究。我国的水污染审计基本上属于财务收支审计的范畴，对绩效审计的应用正处于探索阶段，理论上缺乏对水污染审计目标和审计方法的系统研究，而发达国家的水环境审计普遍以绩效审计为主，审计实践中对水污染审计目标和审计方法的把握比较好。　　本文主要分三部分，第一部分，系统分析了水循环与水污染的关系，水污染对人体健康的危害。　　第二部分认为我国水环境保护目标应该区分长期目标、中期目标和短期目标。通过水污染审计职责的分析，提出了水污染审计的宏观、中观和微观目标的分类法及三类目标的辨证关系。重点分析了水污染审计微观目标的动态变化性和宏观目标的综合性的特点。　　第三部分，为实现审计目标，提出了从审计的目的出发，强调审计的时空特性，从审计内容的逻辑关系的视角，审计方法框架可以按照每类审计内容内部逻辑性、各类审计内容相互间逻辑性、审计内容整体逻辑性三类关系建立和展开。提出了审计组合方法的观点。　　本文采用了文献分析的方法，通过对美国几例水污染审计报告中审计目标和审计方法有机结合的分析，提出了选择审计方法的系统观、发展观和工具观的原则。本文是研究水污染审计目标和审计方法的基础，这些基础性工作为进一步的研究打开了宽广的大门。本文尝试在以下方面有所创新:一是从实际出发，提出宏观、中观和微观水污染审计目标的分类法。二是在审计方法的选择方面强调审计的时空特性，提出从审计内容的逻辑关系的视角，构建一个审计方法体系框架的想法。三是从水污染审计方法和审计目标的有机结合出发，强调了审计组合方法的作用，研究了审计方法的采用和选择原则。