在过去的三十年中，我国已经在贫困治理方面取得了巨大的成就，但是随着贫困人口的减少和整个经济体制改革的不断深入，我国在农村贫困治理领域也不断的遇到一些新的问题和挑战。由政府主导的自上而下的贫困治理显然已经不能适应这些新的变化，因此为了完成我国在《中国农村扶贫开发纲要(2001-2010年)》中所提出的奋斗目标，我们不得不开拓新思路、引入新机制去弥补政府在当前农村贫困治理工作中的不足之处。非政府组织作为一种新生力量在我国的农村贫困治理领域中发挥着其自下而上的独特优势，在相当大的程度上满足了我国当前贫困问题的新变化。 本文以此为基础，在政府与非政府组织关系的相关理论的指导下，分析了我国目前农村贫困治理的机制结构中存在的问题，重点比较了政府与非政府组织在反贫困过程中各自的特点及优劣，由此提出政府与非政府组织应当建立起一种“合作伙伴”关系。并通过借鉴国内外的实际经验，从理念和运作层面分析了在这种“合作伙伴”关系中，政府、非政府组织应当各自扮演什么角色、承担怎样的责任。同时，结合我国的实际情况，对我国政府与非政府组织如何在农村贫困治理领域建立平等、互助的“合作伙伴”关系，给出了相关的政策建议。