长江是我国四大家鱼的天然种质资源库，但由于自然和人为因素的作用，长江流域的四大家鱼资源出现了严重的衰退。鉴于四大家鱼的资源现状，有必要对长江水系上、中游的干、支流及其附属通江湖泊中的自然种群、及人工放流的四大家鱼群体的遗传多样性和遗传分化开展研究，以期保护和合理利用长江四大家鱼资源。本研究以长江水系采集的四大家鱼为材料，使用线粒体mtDNA细胞色素b(Cytb)基因序列和微卫星分析方法，对长江水系的四大家鱼的遗传多样性进行研究:　　 (1)采用线粒体Cytb基因为分子标记，分析了采自万州水产所的放流鲢样本、宜都和珞璜野生鱼苗以及洞庭湖、湘江和万州的捕捞鲢样本总共254尾样本。分析表明，珞璜鲢和湘江鲢具有相对较高的遗传多样性，而放流鲢群体的遗传多样性较低。湘江鲢与其他的鲢群体均出现极显著或显著分化，珞璜鲢与万州放流鲢群体、宜都鲢及万州鲢群体出现显著分化。并使用15对微卫星标记分析了采自珞璜、万州、湘江、洞庭湖的鲢样本以及万州放流鲢样本共196尾，结果表明结果表明WFL和DL间的FST值最大(FsT=0.06514，P＜0.01)，其余的群体之间发生较弱的遗传分化(P＜0.01）。　　 (2)采用线粒体Cytb基因为分子标记，分析了采自洞庭湖、湘江、宜都、三峡库区、赣江以及鄱阳湖草鱼总共190尾样本，并使用7对微卫星标记分析了采自洞庭湖、湘江、鄱阳湖以及三峡库区共120尾草鱼样本，结果表明，宜都草鱼的遗传多样性最低，宜都草鱼与湘江及三峡库区草鱼出现极显著分化，中下游干流草鱼和鄱阳湖草鱼出现明显分化。　　 (3)通过FIASCO(FastIsolationbyAFLPSequencesContainingrepeats)，获得了青鱼的28个多态性微卫星标记。利用其中的12对引物，分析了洞庭湖、鄱阳湖和三峡库区青鱼的遗传多样性。采用线粒体Cytb基因为分子标记，分析了采自洞庭湖、长江监利江段、鄱阳湖、湘江、三峡库区、赣江和长江宜都江段的青鱼共101尾样本。结果表明，三峡库区青鱼的遗传多样性较低，且和洞庭湖、长江中下游干流、鄱阳湖以及赣江青鱼群体均出现极显著分化。　　 (4)利用线粒体细胞色素b序列分析方法，分析了采自三峡库区的40尾鳙和宜都江段的5尾鳙，结果表明三峡库区鳙的遗传多样性极低。　　 (5)分析了长江四大家鱼面临的主要威胁，并提出了相关的保护管理建议。