管角螺是海产底栖动物，属腹足纲，盔螺科，营养价值高，是高级海产品，近些年来管角螺由于过量捕捞、环境污染、以及人类活动造成的自然栖息地被破坏，导致管角螺自然种群的遗传多样性降低，这可能进一步造成管角螺对环境变化的承受能力下降和生长速度减缓等现象的出现。因此，通过微卫星分子标记和克隆16S rRNA基因来对管角螺遗传多样性进行分析，来寻求适宜的方法保护管角螺自然资源的多样性，维持其可持续发展是十分必要的。　　本研究以中国东海和南海海域的五个自然地理种群（青岛、象山、洞头、北海、三亚）的共150个管角螺个体为实验材料，采用微卫星标记与16S rRNA基因共同对管角螺的遗传多样性与遗传结构进行分析。所采用的五个微卫星位点，总共检测到了80个等位基因，平均每个位点检测16个等位基因。在五个管角螺地理群体中，平均的等位基因数在9-13之间，平均的有效等位基因数 Ne介于6.2600-8.5935之间，平均观测杂合度 Ho在0.8588-0.8910之间，平均期望杂合度He在0.9222-0.9489，5个群体的平均多态信息含量 PIC值在0.8116-0.8714之间，Shannons指数I在1.9175-2.3164之间。青岛的管角螺群体这四项遗传指标（Ne、Ho、He、PIC、I）的均值分别为8.5935、0.8910、0.9489、0.8714、2.3164，遗传多样性相对较高；广西北海管角螺群体这四项指标平均值分别为6.2600、0.8588、0.9222、0.8116、1.9175，遗传多样性相对较低。　　基于16S rRNA基因的测序结果，对五个管角螺自然种群的遗传距离进行估计，并使用UPGMA法建立系统进化树，结果显示青岛与象山的管角螺群体遗传距离最近，聚为一类，并与洞头群体距离较近；北海和三亚群体的遗传距离较近，聚为一类。所有群体的平均近交系数 Fst为0.05734，表明不同管角螺群体间存在中等程度的遗传差异。