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水稻是世界主要的粮食作物之一,深度发掘和利用优异基因并应用于亲本的选择,对水稻新品种选育具有重要意义。本研究利用32个农艺性状结合60对SSR引物,对358份新疆维吾尔自治区(以下简称新疆)和其他地区、国家(以下简称其他地区)外引水稻种质资源进行遗传多样性分析,旨在分析不同来源种质资源的分化程度。主要研究结果如下:1、358份水稻种质资源的16个数量性状中,不同性状变异系数的变幅在6.82%-32.22%之间,最小的是谷粒宽,变异系数为6.82%,最大的是二次枝梗数,变异系数为32.22%。新疆种质资源质量性状的平均遗传多样性指数为0.51,数量性状的平均遗传多样性指数为1.95;其他地区水稻种质资源质量性状的平均遗传多样性指数为0.40,数量性状的平均遗传多样性指数为2.02。说明新疆水稻种质资源的质量性状更丰富,而其他地区水稻种质资源的数量性状差异更大。通过主成分分析,可分别将新疆水稻种质资源和其他地区种质资源的16个数量性状转换为5个主成分,提供的信息量分别占总信息量的84.66%(新疆)和84.60%(其他地区)。2、利用UPGMA法对表型数据进行了聚类分析,可将全部资源划分为5类,第1类群包含201份材料,其中新疆材料65份,为多粒的品种;第2类群包含5份材料,为高杆、大穗,但结实率较低的品种:第3类群有32份材料,都为着粒密度较稀,穗粒数较少的品种:第4类群包含118份材料,其中新疆材料占36份,本类群的每穗总粒数和每穗实粒数少于全部材料平均值但高于第三类群平均值;第5类群只包含2个品种,与其他资源相比分化程度较深,有很大遗传差异。3、采用60对SSR引物对358份水稻种质资源进行遗传多样性分析,共检测出263个等位基因,变异范围在2-9之间,平均每个标记4.38个,其中RM1306最多,第10条染色体上检测到的平均等位基因数最多,为5.60个。有效等位基因数变幅为1.02-4.67,平均有效等位基因数为2.08,RM1182最少,RM23823最多。Shannon指数变幅在0.40-1.69之间,平均为0.81,RM333的Shannon指数最高,为1.65,RM23823和RM1306也高于1.5。表明RM23823、RM333和RM1306能很好的反映参试品种间的差异性,适合遗传多样性研究。4、利用SSR分子检测的数据对全部材料进行了群体结构分析,能明确划分类别的材料共336份,可分为3个类群。第一个类群包含74份材料,占全体材料的20.67%,其中新疆材料14份,占新疆总资源的13.21%。第二个类群共包含90份材料,占全体材料的25.14%,其中新疆材料30份,占新疆材料的28.57%。第三个类群共包含165份材料,占全体材料的46.09%,其中新疆材料55份,占新疆材料的52.38%。不能明确划分类别的有22份,占全体材料的6.15%,其中新疆材料6份,占新疆材料的5.71%。5、新疆水稻种质资源和其他地区之间有一定的遗传差异,在育种工作中可挖掘不同地区资源的有利基因,增加遗传多样性。