随着中国大陆对外开放程度不断加深，其金融业在国际社会中的地位也逐步提升。商业银行作为金融体系的重要组成部分，对经济的运行和发展有巨大影响，所以针对商业银行效率问题的研究也始终是国内外学术界热议的话题。在银行的实际经营活动中，除了净利润、利息收入等期望产出外，其真实产出往往还包含不良贷款额、客户投诉等众多不可忽视的非期望产出。首先，本文明确了在协同考虑期望产出和非期望产出时测算的银行效率更为真实，并将只考虑期望产出时的测算结果与其进行对比，查看两者是否存在明显差异。其次，通过对中国大陆地区商业银行效率的分析，找出影响效率的关键因素。再次，本文还深度对比两地商业银行效率差异并分析造成差异的主要原因，为大陆银行业后续的改进提供依据。　　本文运用DEA方法构造了两个效率模型，分别测算只考虑期望产出和协同考虑期望产出与非期望产出的两种经营效率，其测度对象为2010-2015期间的海峡两岸36家商业银行。结果发现，两岸商业银行的经营效率虽同呈上升趋势，且在只考虑期望产出时，大陆地区经营效率大幅领先，但在加入考虑限制不良贷款后，大陆地区领先优势明显减弱。可见在控制不良贷款方面，大陆地区表现较差。同时，本文从经营管理、产权结构和市场结构三方面进行剖析，以找出影响银行经营效率的因素，并运用面板数据回归模型分别对大陆与台湾地区的商业银行进行影响因素的实证分析。结果表明，大陆地区商业银行效率的影响因素主要包括经营管理方面的盈利能力、成本管理能力、资产配置能力、金融创新能力，产权结构中的产权性质、集中度以及市场结构中的市场集中度。台湾地区商业银行经营效率影响因素为盈利能力、成本管理能力、金融创新能力和市场集中度。　　本文最终从加强管控不良贷款、积极转变盈利模式、加强金融创新、合理确定产权结构与优化市场结构方面提出了相应建议，希望借此帮助提升大陆地区银行业效率。