菜心（Brassica campestris L.ssp.chinensis Var.utilis Tssen.et Lee.）为十字花科（Cruciferae）芸苔属（Brassica L.）白菜亚种的一个变种,是我国华南地区特产蔬菜,栽培历史悠久。本试验通过锚定简单重复序列（ISSR）分子标记技术对菜心进行研究,试图通过聚类分析,探讨品种间的遗传分化。主要研究结果如下:1、菜心基因组DNA的提取根据菜心组织中含糖量高的特性,用改良的CTAB法提取到适用于ISSR扩增反应的基因组DNA。通过紫外分光光度法检测该法提取的DNA,其OD₂₆₀与OD₂₈₀的比值在1.8左右,OD₂₆₀与OD₂₃₀的比值在2.0左右;琼脂糖电泳检测也呈现单一、明亮的条带。2、ISSR反应条件的优化首先通过两种方法对影响ISSR-PCR扩增的诸多因子进行优化,最终建立适合菜心的ISSR反应体系:25μl反应体系中含2.5μl 10×buffer,0.5μmol/L primer,0.5UTaq酶,0.24 mmol/L dNTPs,2.0 mmol/L MgCl₂,30ng模板DNA。随后建立适合菜心ISSR-PCR的反应参数:94℃预变性3min;94℃变性1min,53.8℃退火1min（不同引物退火温度不同）,72℃延伸45sec,40个循环;72℃延伸5min。。3、引物的筛选以10个具有代表性的栽培品种为材料,从50个引物中筛选出12个能扩增出多态性的引物。4、菜心遗传多样性分析12个引物共检测到103个位点,其中多态位点58个,多态位点百分率P（%）为56.31%,平均多样性指数（I）为0.229,遗传相似系数（H）为0.144,观察等位基因数（Na）和有效等位基因数（Na）分别为1.563和1.225,遗传距离（GD）的范围在0.029-0.344之间,表明菜心遗传多样性较低。根据DNA扩增结果,采用UPGMA聚类分析,将供试材料分为六大类群。聚类结果与传统的按照菜心对温度的反应和栽培季节不同而进行的分类有很大差异。