进入21世纪以来，全球知识创造和技术创新速度明显加快，重大创新成果相继涌现，科技创新成果产业化周期明显缩短，科技创新已经成为世界主要国家发展的核心战略。　　 高技术产业是能够有效满足国家在其生存发展过程中形成的国家战略需求产业，是实现产业结构调整、转变经济发展方式、保持经济持续增长的主导产业，具有广阔的市场前景和科技创新能力，关系到国家创新体系和创新型国家建设，关系到国家的经济命脉和国家安全，对提升国家综合竞争力至关重要。　　 我国高技术产业已成为国民经济的支柱产业，发展规模与速度居世界前列，发展质量和水平也在稳步提升，但也存在如产品的附加值低，企业的整体创新能力较低等突出问题，主要表现为技术研发效率较低，科技成果转化效率亟待提升。因此，需要提高自主创新能力为目标，提升产业技术研发与技术应用与转化的协同水平，有效提高高技术产业创新发展水平，着力为促进我国产业结构优化升级，提高我国经济发展质量和效益做出重大贡献。　　 本文基于两阶段链的视角，对高技术产业创新理论、发展现状及科技创新系统内部构成因素进行分析。构建高技术产业创新系统、技术研发系统和技术应用与改造系统发展水平评价模型，运用多阶段超效率DEA进行测算分析高技术产业创新系统效率及两阶段的发展水平，然后借助协调发展度模型，对两阶段的协同发展水平进行测算，对其协同发展水平进行评价，发现我国高技术产业创新系统的整体协同效应偏低，各行业呈现出明显的差异和不均衡，其主要根源在于研发效率较低。依据两阶段发展水平将17子行业分为四类，深入分析其特征及原因，并针对不同的类型提出相应的政策建议。