本文首先对中国科学院内蒙古草原定位站的实验样地进行了土壤微生物群落的分析。该实验地由一块有着过度放牧历史和一块有着中度放牧历史的样地组成，每块样方都有不同的水和氮处理，水处理分为两个水平（自然降水和模拟丰年降水），氮处理包括三个水平(NO，0kg/ha; N25，25kg/ha; N50，50kg/ha)，每组处理有4个重复，分别在2011年8月和2012年8月进行采样。实验过程中对土壤样品进行了土壤理化性质的测定以及土壤微生物群落的分析。目的在于观察氮和水互作对土壤微生物群落和土壤理化性质的影响，以及微生物群落和理化性质之间的关系。　　本文第二部分实验在山东寿光中国农业大学实验基地，对优化氮肥和传统氮肥，以及玉米秸秆、小麦秸秆、鸡粪与不同的灌溉方式对作物下的土壤中理化性质和微生物群落组成的影响。　　本实验以微生物群落的变化来指示土壤环境的变化，从而对不同的生态系统中土壤的利用方式起到了指示作用。　　本文主要有以下几个研究结果:　　1)内蒙古草原实验中，对于微生物群落的影响，实验处理中水的增加显著增加了土壤真菌群落和土壤好氧菌群落，氮的增加显著降低了土壤真菌群落;　　2)内蒙古草原实验中，对于土壤理化性质的影响，实验处理中水的增加显著提高了土壤的pH值和土壤的电导率值，而氮的增加显著降低了土壤的pH值;　　3)内蒙古草原实验中，冗余分析表明，土壤微生物群落与土壤全碳以及土壤pH值有很强的相关性。而土壤微生物群落的辛普森多样性指数在没有水增加的处理和增加氮处理的情况下比较高;　　4)漫灌显著的增加了冬春茬土壤中的含水量，显著的降低了秋冬茬土壤中的含水量。漫灌显著的降低了秋冬茬土壤中厌氧菌的生物量以及土壤的碳氮比;　　5)不同氮肥处理的实验中，施用氮肥显著的升高了秋冬茬土壤中微生物的生物量。