牦牛（Bos grunniens）是牛家族中的稀有牛种，分布于海拔2000～5000 m的高寒地区，因能充分利用高寒草地牧草资源及对高寒生态条件极强的适应性，素有“高原之舟”之称。已知牦牛隶属于偶蹄目、牛科、牛亚科，但牦牛的属级分类学位置仍存在争议。现存牦牛有家牦牛和野牦牛两种，作为我国宝贵的畜种资源，家牦牛是广大藏区人民重要的生产、生活资源，也是当地民族经济发展的资源依托。本研究采用DNA测序技术对牦牛mtDNA D-loop区部分序列进行测序，分析了我国野、家牦牛共304个样本的遗传多样性，并通过构建系统发育树对家牦牛的母系特征、起源驯化历史及牦牛分类学地位进行了系统研究，填补了人类文明进程中有蹄家养动物驯化历史研究的最后空白。　　主要研究结果如下:　　1.我国家、野牦牛mtDNA D-loop区单倍型多样性分别为0.9235±0.0098、0.9670±0.0366，核苷酸多样性分别为2.3256±1.2438(％)、1.5604±0.7919(％)，表现出丰富的遗传多样性，但野牦牛单倍型多样性与核苷酸多样性均高于家牦牛;同时，我国家牦牛遗传多样性存在地域差异，单倍型多样性以青海家牦牛为最高，而新疆家牦牛最低。　　2.总体上，我国家牦牛品种（类群）间存在显著的遗传分化(P＜0.05)，但这种遗传分化仅存在于斯布牦牛与天祝牦牛、大通牦牛、环湖牦牛、青海高原型牦牛、帕里牦牛、巴州牦牛及麦洼牦牛与环湖牦牛、青海高原型牦牛之间，而其它品种（类群）间遗传分化不显著。　　3.与大多数家养动物类似，我国家牦牛起源于两大高度分歧的母系，分歧时间约为248000年前;与其它家养动物不同的是，这两个高度分歧的母系来自同一个大的基因库，而不是遗传上的不连续群体。　　4.有7个分支(Clade)参与了家牦牛的建群，其中Clade A存在2个建群者，CladeB存在3个建群者，其余各分支均只有1个建群者;分支与品种（类群）间不存在明显的相关性，各品种（类群）缺乏独特的遗传基础。　　5.家牦牛起源于青藏高原，而通过对各省区家牦牛遗传特征差异进行比较，我们确定更小一级的家牦牛起源地为青海省，而不是西藏;其大致的驯化时间距今约8000～12000年。　　6.系统发育关系显示牦牛与美洲野牛（Bison bison）具有最近的亲缘关系，且野牛属、牛属共同构成单系群，因此，在分类学上，本研究不支持将牦牛做为一独立属，建议将这两个属合并为一个属，并将牦牛纳入该属。