杆状病毒是专一性感染昆虫的囊膜病毒，其基因组为双链环状DNA。杆状病毒在其特殊的两相复制周期中，产生两种形式的子代病毒粒子，出芽型病毒(Budded virus，BV)和包涵体型病毒(Occlusion-derived virus，ODV)，BV和ODV分别负责虫体水平的系统感染和口服感染，并在高效表达载体和生物杀虫剂方面有广泛的应用。本论文运用多种蛋白质组学方法对杆状病毒的ODV和BV进行了系统的比较蛋白质组学研究。论文主要包括以下内容。　　 第一章对研究背景做综述性报告。首先简要介绍杆状病毒的分类，生活史，功能基因组学研究及其应用。其次整体介绍了蛋白质组学技术的原理和方法，以及各种衍生蛋白质组学技术，如定量蛋白质组学，磷酸化蛋白质组学，N-或O-糖基化蛋白质组学等。最后回顾了病毒粒子包括杆状病毒BV和ODV的蛋白质组研究进展。　　 第二章我们运用多种蛋白质组学方法，包括SDS-PAGE-LC-MS/MS，“鸟枪法”蛋白质组学，以及定量蛋白质组学，磷酸化蛋白质组学，N-糖基化蛋白质组学，并结合传统的免疫印迹技术，对棉铃虫单核核多角体病毒(Helicoverpa armigerasingle nucleocapsid nucleopolyhedrovirus，HearNPV)BV和ODV的蛋白组成、亚病毒定位以及翻译后修饰进行全面比较分析，截止目前，共有77种HearNPV病毒粒子相关蛋白被发现，包括37种BV/ODV共有蛋白，17种BV特异蛋白和23种ODV特异蛋白;我们定位了28种HearNPV BV蛋白和40种ODV蛋白，提出了杆状病毒BV和ODV结构模式图。BV和ODV拥有共同的核衣壳蛋白，这些蛋白对于核衣壳的形成和转运具有重要性。两者的显著差异在于膜蛋白的组成，这些差异导致了BV和ODV共能的不同;此外BV和ODV蛋白的翻译后修饰以及各自携带的宿主蛋白也明显不同，且N-糖基化蛋白仅为BV蛋白。　　 第三章我们对AcMNPV BV和ODV进行磷酸化蛋白质组学与N-糖基化蛋白质组学研究，鉴定出16种蛋白的44个磷酸化位点和5种蛋白的14个糖基化位点。AcMNPV和HearNPV的BV和ODV核衣壳蛋白和囊膜蛋白的翻译后修饰状况差异显著。综合AcMNPV功能基因组学研究进展并参考HearNPV定量蛋白质组学信息，我们更新了AcMNPV的BV和ODV蛋白组成:共有81种病毒粒子相关蛋白，包括38种BV/ODV共有蛋白，17种BV特异蛋白和26种ODV特异蛋白;绘制了AcMNPV BV和ODV的结构模式图。　　 上述全面的BV和ODV比较蛋白质组学研究促进了对BV和ODV结构和功能差异的理解，为利用基因工程改良杆状病毒具有重要的指导。