核酸和蛋白质是组成生物体的两大重要物质，蛋白质的合成取决于核酸，核酸的合成也依赖于蛋白质。碱基与蛋白质的相互作用参与生命体内的许多生物学过程，关于两者相互作用的研究是人们了解基因表达具体机制、揭开生命奥秘的关键所在。　　 核酸有两类，即脱氧核糖核酸(DNA)和核糖核酸(RNA)，这两类核酸共包含五种碱基。氮甲基乙酰胺(N—methylacetamide)简称为NMA，NMA是蛋白质主链结构中的一个最简单且典型的单元之一。本文选取NMA和核酸中五种碱基为研究对象，应用ABEEMσπ/MM方法研究了NMA与碱基之间形成的二聚体的性质，包括几何构型、电荷分布、结合能等。并且还进行了相应的ab initio MP2水平的研究，结构在B3LYP/6—311++G(d，p)水平下优化。两种方法的研究结果进行比较表明，所获得的构型、电荷、结合能之间具有很好的一致性，NMA与碱基相互作用的强度大小为：鸟嘌呤>胸腺嘧啶>胞嘧啶>尿嘧啶>腺嘌呤，并且证明了ABEEMσπ/MM模型的参数具有很好的可转移性。以上研究为进一步应用ABEEMσπ模型研究蛋白质与核酸的相互作用打下了坚实的基础。　　 在碱基与NMA复合物中加入1—2个水分子，在B3LYP/6—31++G(d，p)水平下对59种几何构型进行优化，使用从头算(MP2/6—311++G(d，p))方法得出能量并计算结合能。五种碱基与NMA和水分子相互作用的先后顺序为：鸟嘌呤>胞嘧啶>腺嘌呤>胸腺嘧啶>尿嘧啶。为以后模拟水溶液中碱基与NMA的相互作用打下了坚实的基础。