核糖核酸RNA是一类重要的生物大分子,其许多功能的实现需要借助于一定的二级结构、甚至三级结构.但是,鉴于RNA分子具有降解快、晶体难于获得等特点,用实验方法测定其结构比较困难.因此,发展RNA二级结构的计算机预测是一个行之有效的途径.该文主要研究由RNA一级结构预测其二级结构的问题,提出了一种用树表示RNA二级结构的方法,同时提出了一种基于树表示的二级结构预测算法——混合遗传算法,并设计了相应的程序.全文共分为四章.作为基础,第一、二章介绍了该课题研究的背景意义及现有研究现状,阐述了该课题研究的基础知识,包括RNA二级结构的基本组成、预测原理、基本假设和自由能参数等,并简单介绍了遗传算法和模拟退火算法.第三、四章是该文的主要工作,分为两个部分:第一部分是提出了一种用树(称为茎区树)表示RNA二级结构的方法.利用这种树表示,可以方便快速地计算二级结构尤其是多分支环的能量,而且树结构可用于同源序列结构比较.文中给出了这种茎区树的构造算法,并用实例验证了算法的可行性.第二部分是基于这种树表示,提出了预测RNA二级结构的一种混合遗传算法-遗传模拟退火算法.在该算法中,我们直接用茎序列表示个体(RNA二级结构),设计了相应的交叉算子和变异算子.实验结果表明,算法具有较好的精度.