党的十六届五中全会提出“必须提高自主创新能力，深入实施科教兴国战略和人才强国战略，把增强自主创新能力作为科学技术发展的战略基点和调整产业结构、转变增长方式的中心环节”，把建设创新型国家作为面向未来的重大战略。科技自主创新带有准公共产品的特征，是一项复杂的系统工程，需要多方的参与和协作。而政府作为公共权力的主体，为社会提供良好的公共服务和公共产品是其主要职能。尤其对于地方政府来说，作为中央政府的下属机构，它有责任保证中央政府的各项社会经济发展目标的实现，中央政府的各项政策在地方得以顺利实施，以及国家宏观战略目标在地方的圆满实现。因此，研究地方政府在科技自主创新中的职能具有深刻的理论意义和现实意义。 本文主要从三个方面分析了面对科技自主创新这一新战略，我国地方政府如何转变其职能，以增强地方科技自主创新的能力。首先，文章主要依据政府职能理论、公共产品理论、政府职能转变理论这三个方面分析了地方政府在科技自主创新中的重要地位，提出只有地方政府的积极引导和大力支持，科技自主创新才能取得良好的成绩。其次，文章全面分析了面对科技自主创新这一新的时代要求，当前地方政府的职能现状，重点分析了其存在的问题及其成因，并且指出为适应科技自主创新的需要，地方政府应该如何转变其职能，以有效推进科技自主创新战略的实施。最后，文章通过借鉴国外典型的创新型国家的经验，对地方政府在科技自主创新中的职能进行了科学定位，并在此基础上提出地方政府如何发挥好其职能的各项对策措施，以有效促进科技自主创新，提升科技自主创新能力。