本文以美国和欧盟的转基因食品贸易争端为切入点，提出国际贸易中转基因食品标识制度差异问题。美国法对转基因食品标识的规定与欧盟法的规定有显著不同，这些差异已经突破国内法的层面，上升并演变为国际法问题。因此，本文对美国倡导的自愿标识制度和欧盟倡导的强制标识制度进行了多方面、深层次的剖析并进一步揭示出转基因食品标识制度差异导致的严重问题。转基因食品标识制度差异不仅使得有关转基因食品贸易的国际争端凸显，非关税壁垒增加；还导致地理标志失去其原有的意义，影响消费者的选择与判断；更严重影响了经济自由化和贸易的公平性。　　基于国际贸易中现有的转基因食品标识问题，本文通过对美国的转基因食品监管路径的历史演变进行梳理，以及对美国转基因食品规制的现状的分析，进而揭示出美国自愿标识制度的理论基础和特点，最后对美国转基因食品标识制度进行了深层的总结与剖析。与美国不同，欧盟的转基因食品强制标识制度建立在欧盟的转基因生物监管框架下，强制标识制度的形成有着多方面的深刻原因，制度本身特点鲜明。　　目前，国际贸易中转基因食品标识的国际协调存在着一些棘手的问题。在WTO框架下，转基因食品标识问题的解决仍然存在着很多障碍，诸如同类产品的认定问题、WTO规则与多边环境协议的优先性问题和SPS协议与《生物安全议定书》的适用问题。虽然国际协调乏力，但是多种规则的协同与差异还是为转基因食品标识问题解决留有一定的商榷空间。WTO的法律制度为国际贸易中的食品标识问题的解决提供了可能性。无论是限定地理标志，还是基于SPS协议建立一套新的监管评级制度，都是力求通过完善WTO规则来解决问题。2015年TPP协议达成，TPP协议中对于SPS措施的规定，为WTO的SPS协议的完善带来了一些新的思考。　　从目前各国对转基因食品的标识与监管中，可以看出尽管各国对转基因食品标识的立法和规则并不相同，但总体来说，无论是美国还是欧盟，他们在转基因食品的监管问题上都持有谨慎态度。我国的转基因食品标识立法并不完善，转基因食品发展中也存在着较多问题。因此，完善我国的转基因食品标识制度，建立可追溯的监管机制势在必行。