在发达的证券市场的风险管理体系中，证券现货交易的清算风险本来是微不足道的，但是中国特色的证券交易清算系统却使得这一风险演变成了整个证券市场系统性风险，直接打击了投资者对证券市场的信心，也使证券市场的中坚力量证券公司的信誉受到严重损害，证券公司正在被边缘化……。 本文希望通过研究发现我国证券市场交易清算系统中存在的弱点，并希望找出修正这些弱点的方案，为健全我国证券市场交易清算系统提供一些建议。 本文主要采用理论结合实际的方法，通过比较研究海内外不同证券市场的交易清算系统后发现，由于发达的证券市场都采用了二阶段式清算结构一代名制，使得清算代理人在享受了清算权利的同时必须承担了清算义务，从而保证了中央登记结算公司的安全。正是发达证券市场的清算结构科学、清算过程市场化程度高，才使得证券现货交易清算风险较小，清算风险的控制也就相对容易一些。 然而，在我国证券市场中，交易所市场的清算系统却与国际发达的证券市场不同。登记公司对投资者股票的清算是实名制、一阶段、分帐户，但资金的清算却是代名制、二阶段和混藏式的。 我国交易所体系中证券清算的一阶段制度与资金清算的二阶段制度不匹配，使登记公司处于清算劣势地位，容易引发危机，从而影响整个市场的稳定。 本文通过研究指出目前证券市场危机的部分原因可以归结到清算系统中的权利义务不对称、名不副实、放任违规和利益冲突。建议我国的清算系统应做到权利义务对称、名实相符、不放任违规和避免利益冲突，进而化解危机、管理和控制清算风险。