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为了了解额尔齐斯河及其邻近内陆河流域浮游动物群落特征，于2008年7月（夏季平水期）、2008年10月（秋季枯水期）和2009年5月（春季丰水期）对3个流域内的16个水体的浮游动物进行了研究，共检出浮游动物133种，其中在乌伦古河流域、额尔齐斯河流域和拉斯特河流域分别检出浮游动物76种属、124种属和53种属，3个流域都以轮虫为主，其次为桡足类，枝角类最少。在3个流域都出现的浮游动物有40种，轮虫20种，枝角类4种，桡足类16种。乌伦古河流域76种浮游动物中有75种同样出现在额尔齐斯河流域，而拉斯特河流域53种浮游动物中有48种与额尔齐斯河流域相同，3个流域浮游动物种类组成相似度较高，其中，乌伦古河流域和额尔齐斯河流域浮游动物种类组成相似度最高，乌伦古河流域与额尔齐斯河流域种类数季节变化基本上以平水期和枯水期丰富，丰水期贫乏；拉斯特河流域则以丰水期和枯水期较多。3个流域都以下游水库浮游动物种类数最多，额尔齐斯河流域中游水库浮游动物种类数最少。
额尔齐斯河及其邻近内陆河流域浮游动物的密度范围在2～5244.22ind/L之间，3个流域浮游动物平均密度变化趋势为乌伦古河(1346.05ind/L)＞额尔齐斯河(656.33ind/L)＞拉斯特河(385.59ind/L),3个流域浮游动物密度都以轮虫占绝对优势，在97％以上。乌伦古河和拉斯特河流域上下游浮游动物密度变化趋势一致均为上游＞下游，而额尔齐斯河流域为下游＞上游＞中游；对3个流域不同季节浮游动物平均密度进行比较，发现：3个流域浮游动物密度以丰水期和枯水期较高，其中，乌伦古河和拉斯特河流域浮游动物密度季节变化趋势一致都为平水期＞丰水期＞枯水期，额尔齐斯河流域则为丰水期＞枯水期＞平水期。3个流域浮游甲壳动物的生物量变化范围在0.0062～20.92mg/L之间，平均生物量变化趋势为：额尔齐斯河(2.91mg/L)＞乌伦古河(1.13mg/L)＞拉斯特河(0.47mg/L),3个流域浮游甲壳动物生物量都以桡足类占据绝对优势，超过88％；乌伦古河和额尔齐斯河流域上下游浮游甲壳动物生物量都是下游高于上游，其中，额尔齐斯河流域中游最高，拉斯特河流域游浮游甲壳动物生物量则是上游高于下游。3个流域浮游甲壳动物生物量季节变化趋势相同，都以丰水期最高，平水期次之，枯水期最低。
本文将珠江流域、长江流域、伊犁河流域和黑龙江流域与额尔齐斯河及其邻近内陆河流域浮游动物的群落特征做了对比，通过比较发现，额尔齐斯河及其邻近内陆河流域与上述4个流域浮游动物群落特征有较大差异，该流域以广温性种类为主，群落组成季节性变化较大，常见种有螺形龟甲轮虫（Keratellacochlearis）、针簇多肢轮虫(Polyarthratrigla)、长三肢轮虫（Filinialongiseta）、长额象鼻溞（Bosminalongirostris）、圆形盘肠溞（Chydorussphaericus）、近刺大吉猛水蚤（Tachidiusvictnospinalis）、绿色近剑水蚤（Tropocyclopsprasinusprasinus）等。水温、食物、水环境、捕食等是影响额尔齐斯河流域浮游动物群落结构和动态的主要环境因子。