基于深度卷积神经网络的3D--MRI图像超分辨率重建算法研究

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磁共振成像(MRI,Magnetic Resonance Imaging)是一种安全、无辐射的新型医学成像技术,它能够提供高对比度的人体组织影像,并且成像方式灵活,可以通过多参数成像突出不同组织的细节信息。然而,MRI扫描时间较长,但扫描对象无法长时间保持静止不动,因此MRI成像容易产生运动伪影。增加扫描层厚能够提高扫描速度,但层厚越大,MRI图像的空间分辨率越低,并且容易产生部分容积效应,不利于疾病的分析与诊断。因此,如何获取高分辨率的MRI图像是一个亟待解决的课题。近年来,基于深度卷积神经网络(DCNNs,Deep Convolution Neural Networks)的超分辨率重建算法为提高图像的空间分辨率提供了新思路,它强大的非线性学习能力,使超分辨率重建研究有了突破性进展。然而,将DCNNs用于超分辨率重建MRI图像,仍面临诸多挑战,如模型构建困难、时间复杂度高等。本文对基于DCNNs的3D-MRI图像超分辨率重建研究领域的一些重要问题展开了创新性研究,提出了各向异性3D-MRI图像和各向同性3D-MRI图像超分辨率重建算法,有效地提升了MRI图像的空间分辨率。本文的主要创新点及研究工作如下:
  ①提出了基于残差学习的各向异性3D-MRI图像超分辨率重建算法(RLSR,Residual Learning based Super-resolution Reconstruction Algorithm)。RLSR算法通过局部和全局残差学习促进特征与梯度在网络中的流动,根据3D-MRI图像的跨层面自相似性,利用二维卷积神经网络学习图像的三维特征,该方法可在消耗较少硬件资源的情况下,超分辨率重建任意层面选择方向的切片,有效地恢复3D-MRI图像的中/高频信息,提升3D-MRI图像的超分辨率重建效果。此外,本文还根据T1加权与T2加权成像的特点和信息互补性,提出了基于DCNNs的多模态3D-MRI图像超分辨率重建方法,它使用包含更多解剖结构与边缘细节的T1加权成像作为训练集,从而同时超分辨率重建T1加权和T2加权成像。与单模态3D-MRI图像超分辨率重建算法相比,RLSR算法极大地提高了T2加权成像的超分辨率重建效果。
  ②提出了空洞卷积编码解码网络3D-MRI图像超分辨率重建算法(DCED,Dilated Convolutional Encoder-decoder Algorithm)。DCED算法将三维空洞卷积作为编码器,以获取更多的图像上下文信息进行推理学习,同时利用反卷积作为解码器,缓解空洞效应,从而复原3D-MRI图像的高频细节。DCED算法可以在不引入参数的情况下,扩大网络感受野,并且使用反卷积可以避免边界效应,它能够比使用不同空洞系数缓解空洞效应的方法取得更好的3D-MRI图像超分辨率重建效果,其主、客观评价结果均优于对比方法。为了进一步提高3D-MRI图像的超分辨率重建质量,本文提出了特征级的几何自集成3D小波融合算法,在融合不同3D-MRI图像时保留高频细节,它的融合结果优于像素级的均值法融合方法。
  ③提出了并行卷积神经网络3D-MRI图像超分辨率重建算法(CDSR,Conv-Deconv Super-resolution Resonctruction Algorithm)。CDSR算法采用并行的卷积与反卷积,直接从低分辨率3D-MRI提取图像的上下文信息和多层次特征,然后对各层次特征分别超分辨率重建,最后对多级超分辨率重建特征进行融合。CDSR算法可以自动学习上采样参数,因此不依赖于插值上采样预处理方法。为了缓解深度网络难以训练的问题,本文提出了跨尺度残差学习,将它引入到CDSR算法的训练之中,使算法专注于学习高、低分辨率图像之间的差异,以加速算法收敛。实验结果表明,CDSR算法能够更清晰地复原高分辨率3D-MRI图像中正常组织与病灶的细节轮廓,它的主、客观超分辨率重建效果更好。
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