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冠心病(coronary artery disease,CAD)和肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)均为最常见的疾病之一,病死率高,且发病率逐年增高.流行病学研究表明,这两种疾病是基因—基因、基因—环境相互作用所致的一类复杂疾病,一些重要的物质和分子通路如性激素、有毒物质、氧化应激、遗传易感性、感染和炎症反应等都参与了它们的形成及发展过程.由于功能性突变(包括体细胞突变)影响了分子通路上基因的表达或功能而导致机体发病,故搜寻这些突变或与致病基因连锁的单核苷酸多态性(single nucleotidepolymorphisms,SNPs),将有助于寻找疾病相关基因.该研究利用突变检测和分析技术,对一些候选基因进行突变/SNP的筛查,通过病例—对照研究对可能的疾病相关基因进行筛选.在冠心病研究中,该课题选取24个样本(19个冠心病样本,5个正常人),对22个候选基因的启动子、外显子及其临近的内含子区进行SNPs筛查,其中18个候选基因与抗氧化有关,其余4个与免疫炎症相关.测序总长度为204kb,共发现260个SNPs,其中调控区(启动子和非转录区)137个,编码区29个(改变氨基酸编码的15个),内含子区87个.所测序列的平均SNP密度为421bp/SNP,但在不同的基因以及基因的不同区域,SNP密度也不尽相同,其中以编码区的密度最低,只有679bp/SNP.4号染色体长臂在HCC中缺失频率较高,提示该区域内存在抑癌基因.因此在4q21-35内选择了11个候选基因,以自身的癌旁组织作为对照,在36例肝癌标本中对这些基因的调控区和编码区进行了突变筛查.测序总长度为89.6kb,共发现207个突变.其中NEKl的Lys59Asn与FAT的Pro546Leu和Tyr3342His是体细胞突变,分别各在一例病例中发现,其他均是多态.经生物信息学分析发现,Lys59Asn可能影响NEKl的蛋白激酶活性.随后我们对FAT、HHIP、INGLl和NEKl等基因中的21个SNPs进行关联分析(96例HCC,96例正常对照),分析结果显示INGlL的G304A、单倍型B(GCG)和单倍型E(CTG)在病例和对照间存在显著的差异(p值分别为0.003、0.017和0.023),表明INGlL可能与HCC的易感性有关.