微生物群落作为微生物的功能组合,在多细胞生物和环境中起着重要作用。动物肠道微生物受到环境等多因素的影响,土壤作为环境中微生物的重要聚集地,是否会对该地区家畜肠道微生物产生影响,值得探索。为此本研究利用宏基因组测序技术,对锡林郭勒和红原地区家畜肠道微生物和土壤微生物多样性进行研究。主要结果如下:对锡林郭勒地区牛、山羊和马肠道微生物研究结果表明:同一环境下牛、山羊和马的肠道均以广古菌门、厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门为优势菌门,在属水平,不同家畜间菌属的相对丰度存在显著差异,但是反刍动物牛和山羊的肠道微生物结构较为相似,其肠道中的副类杆菌属、另枝菌属、颤杆菌克显著高于马,而非反刍动物马肠道中Subdoligranulum显著高于牛和山羊(P<0.05)。栖息地土壤微生物对牛、山羊、马肠道微生物产生了不同的影响,其中土壤中的地嗜皮菌属、马赛菌属、游动杆菌属、鞘脂菌属对所有家畜肠道微生物都产生了显著影响(P<0.05)。对红原地区牛肠道微生物研究结果表明:红原地区牛肠道以广古菌门,厚壁菌门,拟杆菌门,变形菌门为优势菌门,以甲烷短杆菌属,消化链球菌属,拟杆菌属,大肠埃希氏菌属,另枝菌属为优势菌属。栖息地土壤中的游动杆菌属、马赛菌属、地杆菌属、假单胞菌属等对牛肠道微生物产生了显著影响(P<0.05)。通过比较发现:不同地区牛肠道微生物结构和多样性存在差异,锡林郭勒地区牛肠道微生物具有更高的多样性;不同地区土壤微生物结构和多样性同样存在差异,锡林郭勒地区土壤微生物也具有更高的多样性。表明了环境对家畜肠道和土壤微生物多样性发挥着重要影响。通过比较不同地区土壤微生物对牛肠道微生物影响的差异发现:不同地区土壤微生物与牛肠道微生物显著相关菌属的种类存在较大差异,仅发现牛肠道中的布劳特氏菌属同时与锡林郭勒和红原地区土壤中的极地单胞菌属具有显著的相关性,但是红原地区呈负相关关系,而锡林郭勒地区呈正相关关系(P<0.05)。结果表明土壤微生物会对栖息地家畜肠道微生物产生影响,但是为了适应不同的环境条件,不同地区土壤微生物与家畜肠道微生物之间的相互作用存在较大差异。本研究在解析不同地区家畜肠道微生物和土壤微生物多样性的基础上,探究了土壤微生物与家畜肠道微生物的相关性,仅发现了两者间微弱的相关性,且相关性也存在较大的种间差异和地区差异,因此仍需要进一步探索。本研究为后续改善家畜饲养环境的相关研究奠定了理论基础。