miRNA与phasiRNA是两种重要的小非编码RNA,在生物的生长发育进程中发挥着不可或缺的基因调控功能。玫瑰是云南省的重要经济作物,具有很高的药用价值和营养价值,可用于改善胸闷、胃胀,促进新陈代谢,减轻动脉硬化等。然而目前国内外都没有关于玫瑰PHAS及phasiRNA的研究,对于玫瑰miRNA及其功能的研究也很有限。随着科研的深入,利用常规的实验方法进行miRNA及phasiRNA的研究已经不能满足现有的需求,借助高性能服务器,利用生物信息学工具进行综合分析,将会挖掘到更多隐藏在基因中的信息。本文通过高通量测序技术,测序了来自玫瑰根部、叶、花瓣、花蕊、花粉五个重要组织的小RNA文库,来自花瓣、叶片的转录组文库,以及来自玫瑰叶部的降解组文库。通过拼装转录组,利用BLAST、Bowtie等序列比对工具将小RNA文库比对到转录组,获取序列位置信息及基因功能注释;利用实验室开发的JsmallRNA生物信息学集成分析工具包,识别分析miRNA及phasiRNA;借助SeqTar流程进行靶基因鉴定。通过系统的分析,本课题鉴定321了个保守的miRNA,预测了22个新的miRNA,其中25个保守miRNA的前体序列被预测到。研究发现了339个产生21nt phasiRNA的PHAS区域,以及49个产生24nt phasiRNA的PHAS区域。此外,鉴定了592个保守miRNA靶基因,2672个21nt phasiRNA的靶基因,以及8个24nt phasiRNA的靶基因。根据这些分析结果,有望为小非编码RNA在玫瑰的品种改良及新品种培育过程中提供实验依据。