鳞茎堇菜( Viola bulbosa Maxim.)是青藏高原特有种,生长于海拔2500m以上的高寒草甸。其所具有的繁育方式极为特殊,包含异交、自交、克隆三种方式。本文利用 ISSR分子标记技术,在1×1㎡的取样条件下研究了小尺度下鳞茎堇菜遗传多样性、克隆多样性及遗传多样性和克隆多样性与环境因素的相关性。目的在于了解小尺度下鳞茎堇菜遗传变异水平和克隆繁殖强度,为进一步探明其复杂的繁育系统与遗传结构的关系,为今后研究堇菜属植物的适应性进化提供理论基础,并为进一步揭示环境因素与遗传变异和克隆繁殖之间的关系,提供基础资料。具体研究结果如下:　　1.利用 ISSR分子标记技术,对鳞茎堇菜遗传多样性的研究表明,在小尺度下鳞茎堇菜存在较高的遗传多样性水平。Neis基因多样性( h)为0.2743,Shannon多态性信息指数(I)为0.4181,多态位点百分率(PPB)为99.71％。居群水平上的遗传多样性相对较低,三个遗传多样性指数依次为 h=0.1336,I=0.2042,PPB=45.92%。鳞茎堇菜闭锁花自交繁育可能是造成居群水平遗传多样性较低的原因。不同尺度下,鳞茎堇菜遗传多样性没有明显差异。　　2.鳞茎堇菜居群遗传多样性指数( Hs)为0.1336,基因分化系数( Gst)为0.5130, Nm为0.4746,表明鳞茎堇菜居群间存在较高的遗传分化。　　3.对所有居群遗传多样性与海拔的相关性分析,以及甘南居群与环境因素的相关性分析表明,小尺度下鳞茎堇菜的遗传多样性与环境因素的相关性不显著,单一环境因素对小尺度遗传多样的影响不明显。　　4.对鳞茎堇菜克隆多样性的研究表明鳞茎堇菜存在丰富克隆多样性。平均克隆大小( NC)平均值为1.0550, Simpson指数( D)平均值为0.9493,不同基因型比率( PD)平均值为0.9961。12个鳞茎堇菜居群都为多克隆居群。12个居群内的基因型都为局限基因型,未发现广布基因型,居群间克隆多样性分化明显。　　5.对鳞茎堇菜克隆多样性指数与环境因素的相关性分析的结果表明,居群间克隆多样性变化与环境因素变化的相关性并不显著,单一环境因素对遗传多样性的影响并不明显。