近年来随着经济不断发展，高等院校的办学能力也在不断增强，财政资金支出规模不断扩大，高校财务问题正在面临着巨大的改革与创新。财政资金支出低效率的问题也日益显著，如何充分、有效利用财政资源，改变低效或无效财政投资的现状是改变财政资金支出现状的关键。目前的高等院校财政专项资金绩效考评体系并不完善，存在很多漏洞与不足，因此，需要根据高等院校财政专项资金从预算到支出的实际情况进行具体分析，然后对其进行总结。　　本文分析了国内外学者关于绩效考评体系的相关研究工作，并在此基础上采用经典的比较分析法、文献分析法与规范研究和案例研究相融合的方法针对北京市属高校财政资金进行研究，将高校专项经费作为一个整体来看待，着眼于项目申报时的预期目标。　　本文以对财政专项资金的绩效考评管理流程为导向，针对财政专项资金预算申报过程中，绩效目标申报问题进行研究，建立一套以严格申报绩效目标为基础的绩效考评管理体系，有效解决高等院校财政专项资金的绩效考评问题，进一步提高高等院校的财务预算管理能力。