基于海洋生态系统的海洋综合管理(EBM)研究源于20世纪80年代，目前国外学界在定义、流程、原则、评估、典型模式总结以及与本地管理机制的结合方面均有较深入的研究，案例分析方法应用十分广泛。国内学界在基于海洋生态系统的海洋综合管理方面开展了不少研究，但总体尚处于探索和定性描述层面。对其核心关键因子缺乏科学的定量分析，对管理原则、流程、评价等方面缺乏系统的分析，尤其是成功的海洋综合管理项目案例的研究不足。　　本文将在梳理国内外基于生态系统的海洋综合管理概念、特征、原则、流程的基础上，总结美国、英国、日本、澳大利亚等国具体的海洋综合管理实践经验，将其抽象并上升至一般化理论，分析我国海洋管理模式和典型海区已有的实践，提出我国实施基于海洋生态系统的海洋综合管理的政策建议，为我国海洋综合管理体制改革提供系统科学的理论指导和实证借鉴。本文共分为五个部分:　　第一部是绪论:介绍了本文的研究背景和意义、国内外研究综述、研究方法及框架。　　第二部分构建了基于生态系统的海洋综合管理的概念体系:归纳整理国内外关于海洋生态系统、海洋综合管理、基于生态系统的海洋综合管理等相关研究成果。从概念体系、理论体系等多个层面进行较为周全地梳理，并在此基础上，提出我国基于生态系统的海洋综合管理概念体系和理论依据。　　第三部分为国际海洋综合管理模式研究:以美国、英国、加拿大、韩国、日本等国为对象，深入研究其基于海洋生态系统管理的典型模式、做法及经验，形成典型案例，作为我国基于海洋生态系统的海洋综合管理的经验借鉴。　　第四部分为我国海洋宏观管理模式分析和微观海区生态管理探究:宏观上回顾了我国海洋管理体制的发展历程，重点剖析了这一体制的现状和问题。微观上通过南海海区的生态管理现状探究，探索现实海洋生态问题，并立足国际海洋发展模式对我国海洋管理体制进行了对比和借鉴。　　第五部分从体制、模式及协调机制三个视角探寻基于生态系统的海洋综合管理完善路径:针对我国沿海省市现有模式中存在的问题，基于海洋生态系统管理理论，从海洋宏观综合管理体制、海洋微观区域管理模式、海洋生态协调机制三个视角，提出有针对性的、切实可行的路径和政策建议。