随着城市化水平的不断提高，城市经济的高速发展，资源的消耗量越来越大，目前人类生存与发展所依托的主要资源几乎都面临枯竭。因此，要实现城市的可持续发展，必须想办法减少资源消耗、提高生态效率。对城市生态效率进行评价，可以度量城市可持续发展的水平，为城市可持续发展的实现提供建议和参考。　　但是，目前国内外研究中对于区域生态效率的计算尚没有被普遍认可的方法。传统的生态效率度量以经济产出作为系统产出的核心指标，具有一定的局限性，不能反映系统产出的真实价值。本文采用了能值分析方法评价系统的生态效率。　　本文运用能值分析方法，对南京市生态经济系统1990-2007年十八年期间的情况进行了分析，得到了南京市城市生态经济系统的能值分析表，并据此计算出了各项能值指标，对各项指标在1990-2007年间的变化情况进行了分析。根据能值指标体系，本文构建了基于有效能值产出的城市生态效率评价指标体系，运用数据包络(DEA)分析方法对南京市1990-2007年间的总体生态效率、环境效率、资源效率情况进行了计算。同时，本文还运用DEA方法对基于GDP产出的南京市生态效率情况进行了计算，以便于分析比较。　　计算结果显示，在1990-2007年这十八年期间，南京市的总体生态效率呈现出不断上升的趋势，从1990年的0.73上升到2007年的0.96，说明南京的可持续发展能力得到了提升，但是变化程度并不是很大。南京市的资源效率与总体生态效率呈现出基本相同的变化趋势，而环境效率情况则出现了先升后降的现象，1990年为0.70，到2003年达到最大值为1，而到2007年下降为0.83。因此，南京市在今后的发展过程中，应当加强对污染物排放量的控制，减少污染排放，提高环境效率。　　将基于能值产出的生态效率和基于GDP产出的生态效率进行对比，可以看出在1990年到2007年期间，南京市基于GDP产出的生态效率变化很大，由1990年的0.2提高到了2007年的1，资源效率和环境效率也有相当程度的提高。但是，基于能值产出的生态效率并没有很大的变化。这主要是由于南京市生态经济系统创造的GDP财富增长幅度较大，而系统的有效能值产出增长幅度较小。由此说明，南京市在发展过程中，在关注GDP产出的同时，更应该加强对系统总体生态效率的提升，真正实现可持续发展水平的提高。