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在DNA复制的过程中，错配修复系统(MMR)起到识别和清除插入或者缺失突变的重要作用。因此错配修复系统内的多态性改变有可能会增加大肠癌的发病风险和影响大肠癌患者的预后。 本研究采用病例-对照研究方法对哈尔滨医科大学附属肿瘤医院的451例大肠癌患者和哈尔滨医科大学附属第二医院以及社区的630名对照分析MMR系统两个主要基因（MLH1和MSH2）的多态性与大肠癌发病之间的关系;采用队列研究方法研究其多态性与大肠癌预后之间的关系。主要采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)的方法检测基因多态性。应用Logistic回归分析及COX比例风险模型计算OR值、HR值及其95％可信区间。另外我们还研究了基因-基因交互作用和基因-环境交互作用对大肠癌发病风险的影响。我们的研究表明MSH2基因rs2042629和rs3764959两个多态位点与大肠癌的发病风险相关。应用显性模型，这两个多态位点的野生基因型携带者可以分别降低31％（调整OR=0.69，95％CI:0.53-0.91，P＜0.01）和33％(调整OR=0.67，95％CI:0.47-0.95，P=0.02)的大肠发病风险。以肿瘤发生部位进行分层分析的结果表明，MSH2基因的rs1981928、rs3732183、rs3764960和rs7602094四个多态位点只和结肠癌的发病风险有统计学相关，而与大肠癌的发病风险无关。单体型分析显示ATTTGGGT和TCTTAGAC单体型可以降低44％到45％的大肠癌发病风险，而ATTTGAGT和TTTCAGAC两个单体型却可以分别增加1.37和2.49倍的大肠癌发病风险。交互作用研究发现MSH2基因的rs3764959、rs3764960和rs7602094三者之间存在有统计学意义的三维的基因-基因交互作用(P＜0.01)。而MSH2基因的rs2042629和rs3764959两个多态位点与粗粮的摄入量之间存在基因-环境的交互作用，且P值都小于0.01。预后研究表明，MLH1基因的rs1800734和rs1540354两个多态位点分别在显性模型和隐性模型时与大肠癌的预后相关。对于rs1800734，调整的HR值为0.66(95％CI:0.45-0.99，P=0.04);对于rs1540354，调整的HR值为1.90(95％CI:1.14-3.17，P=0.01)。以肿瘤部位进行分层分析，rs1800734和rs1540354两个多态位点只与结肠癌的预后有关而与直肠癌的预后无关(rs1800734，AA+AG vs.GG，调整HR=0.34，95％CI:0.17-0.68，P＜0.01; rs1540354，AT vs.AA，调整HR=2.20，95％CI:1.11-4.36，P=0.02)。我们的研究结果提示MSH2基因上的多态位点可能在大肠癌的发病过程中起到一定的作用，而MLH1基因上的多态位点则可能会影响大肠癌患者的预后结局。