中国茅台酒因其独特的自然固态发酵工艺，而与世界其他五大名酒白兰地、威士忌、金酒、朗姆酒和沃特加齐名。除特殊生产工艺外，茅台酒独特性源于其独特的微生物环境。酿酒微生物主要是来自于酒曲、原料、窖泥、土壤、空气等，因此对于相关微生物在茅台酒生产过程中分布及动态变化进行系统深入研究，将有助于揭示茅台酒香型的成因和为其传统工艺改造提供依据。　　本论文应用分子生态技术和SPME-GC技术研究了酒曲制作过程、茅台酒发酵过程中微生物多样性及其动态变化规律，并应用DGGE技术较好的阐述了与茅台酒生产相关的环境微生物与茅台酒生产的关系。　　(1)大曲中细菌主要分为三类，分别为芽孢杆菌属、乳酸菌属和其他类；真菌也被分为三类，分别为non-Saccharomycesyeast，Mucoraceae和其他类。在制曲过程中，细菌、真菌总量呈现先升高后降低的总体趋势，其中细菌、真菌总量分别在熟化阶段、成型阶段达到最高，而在干燥阶段急剧下降。在成型阶段，酒曲中具有高水平乳酸菌和真菌多样性；在熟化阶段，酒曲中具有高水平细菌多样性，B.acidicola，B.amyloliquefaciens和unculturedLactococcussp.开始被检测到；在干燥阶段，芽孢杆菌属和产酸细菌多样性水平大大下降。　　壬酸在成型阶段大量积累，并在后续的熟化、干燥过程中不断下降；作为香气成分的重要前体物质.辛酸在大曲制作过程中不断积累后，在熟化阶段达到最高，另外在此阶段也检测到了3-辛酮、壬酸等香气成分；在干燥阶段，挥发性香气成分辛酸和壬酸等大幅度降低。　　(2)茅台酒发酵过程中细菌包括四群，分别为芽孢杆菌属、乳酸菌属、放线菌属和假单胞菌属；真菌被分为三类，分别为酵母类、霉菌类和其他类。在茅台酒整个发酵过程中均优势存在的微生物有B.oleronius，Lb.fermentum，B。sonorensis，B.licheniformis，Unculturedactinobacterium，UnculturedSaccharomyces和Hanseniasporauvarum。在堆积发酵阶段，细菌总量降低，真菌总量升高。Microbacteriumtestaceum，Zygosaccharomyceskombuchaensis，UnculturedSaccharomyces，Penicilliumdecumbens，Cryptococcusgastricus，Monascusruber开始被检测到。另外，在堆积发酵阶段，四甲基吡嗪、苯甲醛、苯乙醛、异戊酸、乙酸-苯乙酯、庚酸、辛酸、壬酸大量积累，在堆积后入窖酒醅中含量达到最高。在窖内发酵阶段，微生物总量最低，B.sporothermodurans，B.acidicola，B。licheniformis被检测到。　　(3)酒曲是茅台酒酿造最主要的细菌来源，其次是空气和高粱；而高粱是茅台酒酿造最主要的真菌来源，其次是酒曲。酒曲是茅台酒生产最重要微生物来源之一。酒曲为茅台酒生产提供了芽孢杆菌、乳杆菌(如B.acidicola，Microbacteriumtestaceum等)等细菌类微生物资源，而且还提供了部分真菌类微生物资源(如Hanseniasporauvarum，UnculturedBasidiomycota，Monascusruber)。空气是茅台酒生产重要微生物来源。空气为茅台酒生产提供了Pseudomonassp.，Cupriavidussp.。高粱是茅台酒生产最重要微生物来源之一。高粱不仅为茅台酒酿造提供了细菌资源，包括Weissellacibaria，Ochrobactrumsp.，而且也是茅台酒酿造最主要的真菌资源贡献者，贡献的真菌包括Zygosaccharomyceskombuchaensm，UnculturedSaccharomyces，Penicilliumdecumbens，Cryptococcusgastricus。