鲤科(Cyprinidae)隶属真骨鱼类(Teleostei)骨鳔超目(Ostariophysi)的鲤形目(Cypriniformes)，是现生鱼类中最大的一个科，虽然基于形态解剖性状的和绝大多数基于分子数据的研究都一致显示，鲃系是鲤科鱼类中的一个大单系群。但是在涉及系的亚科间系统发育关系上，无论是基于形态解剖性状的还是基于分子数据的研究，都还未得到一致的认识。 本论文测定了鲤科雅罗鱼系两个属种和鲃系四个亚科12个属的24条mtDNA控制区(D-Loop)序列，加上从GenBank获得的，总共17个属共32条。通过以双孔鱼(Gyrinocheilus pustulosa)为外类群，构建了MP、ML、NJ三种系统发育树。对鲤科鱼巴系的四个亚科作了分子系统发育分析，我们得出的结果如下： 第一，再次证明了鲃系为一个单系群，由鲤亚科、鲃巴亚科、野鲮亚科和裂腹鱼亚科组成。 第二，鳃亚科既是鲃巴系中最原始的类群又是一个并系群，鲤亚科，野鲮亚科和裂腹鱼亚科的鱼类均由它的有关分支派生而成，其中又以鲤亚科的分离时间可能最早。 第三，野鲮亚科是个单系群。 第四，未纳入鲃鲤属的鲤亚科鱼类是个单系群。 第五，裂腹鱼亚科的鱼类很可能不是单系群。 第六，四须属是一个非单系性的属。