六色荧光标记45个Y-STR基因座复合扩增体系的法医学应用研究

来源 :南方医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:larrytangliang
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研究背景与目的意义:近年来,Y-STR数据库的建设越来越受重视;截至2018年,我国Y库已有800万条数据,且还在以每年100万的速度增加。随着Y-STR数据库容量增大,Y-STR单倍型数量也随之增加,出现Y-STR单倍型入库比对后比中信息过多,难以辨别真伪,从而增加了家系查找的难度。而且Y-STR分型在法医学应用中,只能排除同一父系的个体,不能认定个体间亲缘关系。若存在共祖现象,更增加了鉴定的困难。当出现1至2个、甚至更多Y-STR基因座分型不一致时,特别是多个基因座均为一步突变时,也不能轻易排除父系家族,给家系排查带来了困难。目前常用的商品化试剂盒多为AmpFLSTRTM Yfiler PlusTM、PowerPlex?Y23和DNATyper Y26等,上述试剂盒所包含的基因座数量少,且部分基因座在中国汉族群体的多态性低,导致检测系统构成的单倍型多样性低。同时,这些试剂盒均引入了部分快速突变Y-STR基因座,虽然在一定程度上提高了系统的多态性效能,但也容易错误排除同一父系男性个体。因此,我们需要选择一个适用于建库和家系搜查的Y-STR检测系统,以满足Y-STR数据库建设和父系家系筛查的需求。本研究对AGCU Y LM荧光检测体系进行方法有效性验证,检测广东汉族人群获得基因座的突变率和多态性参数,并评估其法医学应用效能。方法:依据 SWGDAM(The Scientific Working Group on DNA Analysis Methods)的验证指南,在PCR反应条件、灵敏度、抗干扰能力、混合样本、种属特异性、可重复性、精确性、stutter分析、案件样本、分型一致性等方面对AGCU Y LM荧光检测体系进行法医学验证。采用AGCU Y LM荧光检测体系检测345个确认父子关系的广东汉族人群父子对,统计分析获得45个Y-STR基因座的突变信息和多态性参数。结果:AGCUYLM荧光检测体系的PCR反应中最佳循环数为30,最适宜退火温度为60℃,推荐终延伸时间为20分钟;可检出完整分型的最低DNA模板量为62.5pg;对法医检验常见抑制剂(30mmol/L靛蓝、20ng/μL腐殖酸、0.2 mmol/LEDTA、200μmol/L血红素)具有抗干扰能力;在男女混合样本比例为1:1-1:100时均可得到完整男性样本分型;除黑猩猩外,在非人源DNA样本中无特异性扩增;对日常案件检材样本扩增电泳均可获得可靠结果。同一样本在不同实验室不同仪器上可得到一致分型结果。所有等位基因的平均片段迁移率偏差均小于0.1bp,在遗传分析仪0.5bp的分辨范围内,分型准确。除DYS481、DYS456和DYS389Ⅱ外,各基因座stutter峰高比例均不高于15%,不影响正常分型。在100份人群样本中,该体系与AmpFLSTRTM Yfiler PlusTM重合的19个基因座分型结果一致,兼容性好。45个Y-STR在广东汉族群体的平均突变率为2.38× 10-3(95%CI,1.7× 10-3-3.3×10-3),41 个位点的 GD 值大于 0.5,多态性良好,HD值为 0.999861,DC 值为 0.973529。结论:AGCUYLM荧光检测体系灵敏度高、特异性好、分型准确、抗干扰能力强、可重复性好,且能与其他Y-STR试剂盒兼容。该检测系统在广东汉族群体中突变率较低且具有良好的多态性,可满足Y-STR数据库建设和法医日常DNA检验的需求。
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