随着技术对经济发展的推动作用愈益明显，技术创新越来越得到世界各国的重视，各国政府不断加大对于科技创新的投入，以期获得更大的技术产出。在我国，政府科技投入尽管与发达国家还存在一定差距，但也已经成为我国科技投入的重要组成部分。从执行部门来看，政府科技投入的具体投向主要分为研究与开发机构、企业和高等院校三类，目前我国政府科技投入在这三个部门的效率如何?是否已经达到最优规模状态？都需要政府对这三个部门进行科技投入决策的时候进行深入考虑。因此，本文分析三部门的政府财政科技投入的效率，使有限的政府投入产生最大的效益，具有一定的理论意义和现实意义。　　 本文从我国科研投入情况出发，结合内生增长理论，综合国内外学者对于政府科技投入的指标选择以及效率评价的文献，分析政府向三个部门进行科技投入的结构等现状，然后从宏观上分析三部门的政府科技投入与我国经济增长的关系，研究加大政府科技投入的必要性。下一步收集数据并使用数据包络分析方法对三个部门近几年的政府科技投入的相对效率进行研究，结合实际情况给出政策建议。　　 本研究内容和观点主要有以下四点：第一，本文结合图表，从绝对值和相对值两方面对我国总体政府科技投入进行分析，得出以下主要结论：我国的政府科技投入从绝对值数额上来看是一直处于增长状态的，但从我国政府科技投入占财政支出的比例和GDP的比重相对指标来看，我国政府对于科技投入却是远远不够的。第二，本文从相对值和绝对值两方面对我国三部门的政府科技投入进行了一一分析。得出以下结论：研发机构的主要资金来源为我国政府，高等学校的主要资金来源为政府和企业，企业的主要资金来源为企业本身，政府投入较少。第三，本文从宏观上研究了我国三部门的政府科技投入与我国经济增长之间的关系，得出结论：我国三个部门的政府科技投入与我国宏观经济增长存在着强正相关性，也就是说这三部门的政府科技投入的确促进了我国经济的增长。第四，本文采用数据包络分析方法的CCR模型和BCC模型对我国政府科技投入在三个部门之间分配的相对效率进行研究，得出以下主要结论：我国企业的政府科技投入最有效率，其次是高等学校，最后是研究机构；政府科技投入力度过小，首先是研发机构，其次是高等院校；国内科技论文数目不够多，技术市场成交额比较低。最后，结合实证分析结果和我国的实际情况，本文提出了若干政策建议，希望对政府决定政府科技投入投向的决定以及相关政策的制定有一定的借鉴意义。