本文进一步改进和发展了进化分析方法。通过对甾体激素受体家族配体结合域的进化分析，确定了其中与各亚家族功能特异性相关的残基位点，指出造成功能特异性的序列和结构基础。在随后对于双组分信号传导系统的分析过程中，我们通过引入多个复合物的结构信息，更好地刻画了磷酸转移酶域以及调节域上的功能位点，探讨它们作为药物作用靶点的可能性。最后，我们将进化分析方法用于指导大鼠GFRα1的突变实验，在缺乏高级结构信息的情况下仍然成功地找到了部分同GDNF、Ret结合相关并且在介导GDNF神经营养功能中起到关键作用的功能位点，推广了该方法的适用范围。 　　随着大规模测序和结构基因组学研究的蓬勃发展，新的序列、结构数据不断涌现，基于进化分析的方法融合了序列，结构和功能三方面的信息，对于蛋白组学的研究将起到巨大的推进作用。