自大部制改革以来,国家不断推进政府事务综合管理与协调,强调集中统一管理,提升行政效率,降低行政成本,从而实现国家治理能力和治理体系现代化。我国跨部门合作在这一背景下产生,它强调不同政策和部门之间为实现共同目标、协调各项政策、优化公共服务而进行的部门间横向沟通和合作。习近平总书记2013年到湖南湘西考察时首次提出精准扶贫的治贫思想,2014年中办详细规划制定了精准扶贫工作模式的顶层设计,推动了“精准扶贫”的具体执行。基层政府作为精准扶贫的重要执行者,政府跨部门合作成为基层政府的一种扶贫开发模式。但是,基层政府跨部门合作面临专业化分工“碎片化”问题,导致跨部门合作在精准扶贫中效果不够明显。那么,政府间跨部门合作在精准扶贫中的运行效果和困境是如何来体现的呢?论文拟对跨部门合作现有文献进行分析整理的基础上,基于整体性政府理论和协同治理理论,运用文献搜索法、案例研究法和深度访谈法等研究方法,在中国精准扶贫政策背景和国内外政府跨部门合作实践下,选取山西省深度贫困S县作为典型案例,并进行实地调研和对精准扶贫中跨部门合作的相关工作人员进行深度访谈。通过整理调研和访谈内容,明确S县跨部门合作的模式和内容,并得出S县跨部门合作的成效,进一步探讨跨部门合作在扶贫治理中的问题和原因,并找出精准扶贫跨部门合作的优化路径。文章最后得出,由于跨部门组织协调机制不健全、部门任务分工不清、协同部门自利性、监督考核机制不健全等原因。跨部门合作在运行过程中,存在部门间职责分工不清,出现职责交叉和重叠现象,一定程度上浪费了人力、物力、财力,影响了精准扶贫工作的成效,使得后续帮扶的持续性动力不足。最后,结合理论和实践基础,提出加强部门合作的灵活、培育跨部门协同合作文化、明确领导和协调职能、搭建信息资源共享平台、建立多维度监督考核体系等方式来改进基层政府跨部门合作机制。