通常认为，自发突变在基因组中是随机分布的，然而突变热点又是经常出现的。现已进行了广泛的研究，但是还没有一种普遍的机制来解释突变热点的存在。本文以六对基因组比对为对象，其中包括灵长类、啮齿类、水稻和酵母，研究indel周围核苷酸替代的情况。每一对比对中，核苷酸差异都与距indel的距离呈负相关，并且与indel的大小及周围indel的丰度显著相关。通过比较含有indel的世系和含有原始等位基因的世系之间突变积累的情况，发现有indel的存在时，替代率会升高，且有独特的替代模式。我们认为，在杂合体中indel对于其周围序列有诱变作用，突变率大约会升高10倍。根据这种突变模式的一致性，可以认为indel诱导的核苷酸替代是一种普遍的突变机制，并且在创造遗传差异中起着重要作用。这些普遍存在的“增变子”可能对物种形成、表型进化等过程有着很大的贡献。本研究表明，indel在基因组进化中所起的作用比人们先前想象的要大得多。 真核生物基因组中indel对其周围序列有诱变作用，因此它的发生频率很大程度上决定了一个区域的进化速度。但是人们对产生indel的机制却知之甚少。同样通过上述六对基因组比较，通过滑动窗口法分析GC含量的变化，发现indel多发生于GC含量相对低的地方，即低GC谷。这一事实暗示着GC含量的剧烈变化与indel的发生相关。经过验证，我们确认GC变化的程度同indel频率及核苷酸差异紧密相关。非编码区中的GC变化较编码区中更为剧烈。此外，我们观察到紧靠编码区有一个较深的GC谷，这表明编码区周围在快速变异。我们的结果表明相对低的GC含量会增加indel的发生率，进而较多的indel会造成这一区域有较高的核苷酸突变率。因此，沿染色体的GC含量的变化对于控制区域间差异的水平起着至关重要的作用。在某种程度上，染色体上各个区域的GC变化的模式可能是适应性进化的结果，以满足各个区域对突变的要求。换言之，GC变化的非随机性分布是选择的结果，进而它又决定了indel的非随机性发生。