一个国家（地区）政党制度的确定以及实施受到诸多因素的影响,同时也形成了各自的特征。自民党和国民党都曾作为本土最大的政党,其发展历程存在一定程度的相似性。两党都曾是本土的独大政党,并且都带来了地区的经济繁荣和社会稳定,两党内部都存在突出的派系斗争,两党也都面临着来自其他政党的挑战和威胁。但若着眼两党目前的发展形势则可以发现,自民党在日本仍占据着独大的地位,日本本土目前不存在可以和自民党相匹敌的政党。而在台湾,则出现了能和国民党相匹敌的民进党,且国民党的势力大不如前。本文针对两党目前发展前景的不同,从政党内部的派系结构和功能角度说明两党不同的派系运作模式对两党产生的不同影响。从横向结构上来看,自民党内部各派系之间的关系较为缓和,派系之间的合作要多于派系对立,这种现象产生的主要原因是自民党个派系的势力悬殊小,要想维持自民党政权需要集中力量才能得以实现;而国民党内的派系严重对立,甚至出现了党内分裂的局面,这主要是由于党内派系发展不平衡引起的。从纵向结构上来看,自民党的中央与地方派系是直接领导与被领导的关系,因为地方议员需要派系的政治支持和资金支持;而国民党由于历史原因,它与地方派系之间的关系因情势的变化而变化,因此较为复杂。在派系功能方面,两党的差异主要表现在功能的有效性上。自民党内部的派系已经具备了政党的相应功能,它无论从政策制定、利益表达还是人才培养方面都具有很强的独立性;而国民党的派系由于组织化程度较低,派系这些功能不能得以有效发挥,甚至不具备某些功能。通过两党派系的结构和功能比较,总结出政党内派系有效运作的模式,为政党建设提供全新的努力视角。