随着我国经济社会的快速纵深发展，村民自治也取得了巨大进步。然而，在基层民主不断发展的同时，农村中两大基层组织机构：村党支部委员会与村民委员会（以下简称“两委”）之间的关系也日益多样化与复杂化，“两委”之间的矛盾日益凸显，而且已经影响到我国农村基层民主和村民自治活动的顺利开展，成为各项经济社会事业发展的巨大障碍。研究村民自治过程中村“两委”关系的问题，有助于推动农村各项事业的正常发展，有助于党和政府在农村的各项政策的落实，有助于推进村民自治进程，有助于全面建成小康社会的建设，有助于巩固党在农村的执政和领导地位。　　本文通过文献检索法、调研访谈法、比较研究法，抽样调查法，抽取惠来县14镇239个行政村中的6个镇中的24个行政村进行走访以及同县委组织部相关工作人员进行坐谈，收集到大量的一手资料并进行整理，结合总结已有研究成果的基础上对村“两委”关系的形成与发展、村“两委”关系现状、村“两委”关系模式、影响因素进行分析，并就理顺村“两委”关系提出了以下几点对策和建议：第一、完善制度设计，理顺村“两委”关系；第二、转变思想观念，增强群众参政意识；第三、引导家族势力在村民自治中发挥积极作用；第四、构建和谐的乡镇政权与村“两委”的关系；第五、优化班子结构，提高村“两委”干部综合素质。希望能够对构建和谐村“两委”关系起到具有实践意义的指导作用，推进潮汕落后地区村民自治的发展以及各项经济社会事业健康发展。