随着科学技术、社会经济和信息化的快速发展,以及政府决策活动所涉及的规模、范围和复杂性等都达到了前所未有的程度,使得现代政府的决策体制正在发生了全面深刻的重大变化。当代行政体制也随着社会的发展逐渐的呈现出新时代的各种特点,即“谋”与“断”的相对分工。近些年来,主要发达国家逐步的形成了一个在政府内部专门用来咨询的机构、半官方的和民间的咨询机构(政府决策咨询机构)相互结合的多层次和多元化的决策咨询体系,这在政府决策的过程中发挥着十分重要的支持作用。对我国建立和完善适应时代要求的政府决策咨询机制也有着十分重要的借鉴意义。通过研究发现,受到计划经济体制和历史传统等历史因素的影响,官办政府决策咨询机构组织结构存在权力过于集中,组织横向交流不畅,组织队伍层次不够等问题;受到文化及法制因素等影响,半官办政府决策咨询机构组织结构存在水平领导和垂直领导矛盾较大,对政府交流合作职能弱化,管理层次混乱等问题;受到经济体制等因素的影响,民办政府决策咨询机构组织结构存在管理机构多,管理人员比重大,分权可能架空公司领导,事业部间竞争激烈,可能发生内耗等问题。最后,提出了完善决策咨询机构的组织结构的对策。在完善官办政府决策咨询机构组织结构方面,要完善咨询决策组织体系、优化决策咨询人才队伍、理顺和完善决策咨询机构的管理体系,提高咨询决策机构组织灵活性;在完善半官办政府决策咨询机构组织结构方面,要建立多层次决策咨询组织机构和建立专业化、高素质的组织协调机构,强化机构监督考核部门建设。在完善民办政府决策咨询机构组织结构方面,要加强民办组织事业部改造以提高组织灵活性,强化交流合作部门的建设。