公共部门运行机制非常复杂，对公共部门运行效果的衡量评价向来是一个极具挑战的问题。我国在确立了公共财政改革目标后，这项工作受到了特别的重视。但是由于我国的公共部门绩效评价工作开展较晚，从绩效评价理念、绩效评价方法等许多方面都与国外有较大差距。同时，我国也需要建立植根于国内实际情况、符合我国国情的评价体系与评价方法。在这样一种背景下，结合我国2003年所提出的科学发展观思想，本文以公共部门对科学发展观的践行为评价目标，对我国公共部门的运行绩效进行了评价。　　首先，本文通过对公共财政职能界定标准的分析，找到新的科学发展模式下公共财政所应承担的新职能，构筑了评价工作的基础。“市场失灵”是现代公共财政界定财政职能的主要标准，然而本文认为这是不完善的，公共财政职能的界定与所处时代的发展观密切相关。通过对各类发展观的梳理，本文认为对系统因素的认知是左右发展观更迭的主要因素。在现代社会的发展观中，多系统之间的耦合、协调发展是主要发展模式，而政府也应该服务于这种发展模式。通过对区域多系统协调发展机制的分析，本文找到了政府在多系统协调发展模式下应当承担的责任，并进一步分析了在科学发展观下政府的主要职责。　　接着，本论文以财税科学发展为总目标，以“五个统筹”为准则，选取了30个变量作为具体的评价指标，通过层次分析法构建了财税科学发展评价体系。在评价计算中，通过经济分析，使用客观赋权法对评价指标和准则进行了赋权，并得出了最后的评价结果。从结果可以看出，我国的财税科学发展水平自1995年以来整体上是不断向上的，指数走势与我国财税运行总体变化特征是相吻合的。而且，指数可成为对财税运行总体状况进行长期追踪、持续评价的指标，同时还可成为一个衡量社会经济总体状况的新型指标。然而，由于数据采集条件发生了变化，本论文的初期指数序列只计算到2006年。经过综合考虑，新的按照AHP模型计算的指数准备在数据采集条件稳定后重新开始。为了保证指数年度序列的延续性，需要先为财税科学发展指数的计算寻找一些新的、较为简化的替代性数据作为新旧指数间的过渡。经过综合考虑多方因素，本论文采用趋势预测法，通过寻找影响指数走势的主要因素，然后对这些因素进行拟合，来完成过渡阶段的指数计算。通过该方法，本文确定了2007-2009年的财税科学发展指数值，发现这一阶段指数走势继续向上。同时，作为对这一方法的开发利用，本文对“十二五”末的指数走势进行了情景分析。　　然后，本论文以指数为基础，对财税科学发展运行中的“短板”进行了分析，而这也是我国目前进行公共部门绩效评价中需要加强的部分。针对计算指数的层次分析法的特征，本论文采用了基于次约束的模糊评价法，构建了两个层次的“短板”分析模型，即基于准则层为次约束的模糊评价模型和基于指标层为次约束的模糊评价模型。先找到准则层面的不足之处，然后再细化到指标层面来寻找不足。经过分析，发现“统筹经济社会发展”是目前我国财税科学发展中最大的制约层面，而其中的社会事业财政支出不足、就业问题以及社会收入分配不公则是造成该准则成为最大制约层面的主要制约因素。本文又针对不同层面上的制约因素提出了相应的政策建议。　　最后，本论文将财税科学发展指数与其它一些描绘经济社会状况的指数进行比较，又从财政支出的角度考察了财政支出结构的变化对这些指数走势的影响效率。为了显示我国公共支出结构变化的改革取向，本论文选取了经济增长、社会公平等六个不同的目标，分别考察公共支出结构变化在其上的效率变迁。通过超效率数据包络法模型分析后，发现公共支出的结构变化在财税科学发展变化中并不具有高效率，反而在经济增长和社会福利指数的变化上具有效率。说明我国的公共支出改革并没有以财税科学发展为主要改革目标。