本文采用构建16S rDNA基因克隆文库的非培养方法研究了不同地区(上海、洛阳)、不同品种(凤丹、蓝芙蓉)和不同季节(冬、夏)牡丹根部细菌种群多样性。采用五种不同DNA提取方法提取牡丹根部土壤总DNA,通过DNA浓度和纯度测定以及PCR扩增电泳比较,确定Mobio土壤DNA提取试剂盒最适合牡丹根部土壤总DNA的提取。通过对16S rDNA基因克隆文库的ARDRA分析方法,对不同地区牡丹根部细菌种群多样性进行研究,试验表明不同地区牡丹根部细菌种群多样性非常丰富,其中牡丹根面样品细菌种群多样性低于散土和根际。另外,不同地区牡丹根部细菌优势菌群都是变形菌门。对不同品种牡丹根部细菌种群多样性研究表明,不同品种牡丹根部细菌种群多样性不同,其中根际样品的细菌种群多样性相差最大。上海蓝芙蓉根部的细菌种群多样性高于上海凤丹根部细菌多样性,而洛阳地区凤丹根部细菌多样性高于洛阳蓝芙蓉根部细菌多样性。对不同季节牡丹根部细菌种群多样性进行研究,试验结果表明不同季节之间牡丹根部细菌种群多样性有很大差异,表现为夏季牡丹根部细菌种群多样性高于冬季牡丹根部细菌种群多样性。其中,冬、夏两季牡丹根际样品之间的细菌种群多样性相差最大,而根面样品之间的差距最小。对牡丹根际分离出的122株细菌进行功能菌株初步筛选,试验结果发现,具有产铁载体能力的菌株有20株,具有解磷活性的菌株有14株,可以产生IAA的菌株有24株,分别占牡丹根际细菌的16.39%,11.48%,19.67%。