利用两株伊氏锥虫的核糖体基因内转录间隔区(ITS1-5.8S-ITS2)的序列分析和系统进化学分析来研究来两株水牛伊氏锥虫的分类学地位。通过对我们从水牛分离到的锥虫(广西株)和湖北株水牛伊氏锥虫的ITS基因的扩增、克隆和测序及分析并用CLUSTALW1.83软件多重比对分析序列的差别，MEGA4.0软件处理数据绘制系统进化树。结果表明，这两种水牛伊氏锥虫的ITS1-5.8S-ITS2 rRNA基因大小分别为1102bp和1095bp，两种伊氏锥虫的ITS序列存在多态性，其中广西株的ITS-1序列长为340bp，ITS-2序列长为582bp，湖北株的ITS-1序列长为339bp，ITS-2序列长为587bp。系统发育分析显示，这两株伊氏锥虫分布在同一大枝的不同亚群上。