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应用14个微卫星标记分析了BWEL-SPF鸡群在F15世代群体内和群体间的遗传变异，结果表明由于长期的近交已经使相当一部分位点(35.7％；5/14)的基因型趋于纯合(＞0.90)而被固定下来，群体内等位基因的变异程度显著降低。但在F15代改变传代方式后，多数家系(7/8)的FIS估计值为负值，其中有4个达到了显著水平(P＜0.05)，这表明经过长期垂直传代的家系内的近交在一定程度上得到了缓解。F统计量检验表明，各家系间的遗传分化达到了极显著水平(P＜0.001)，来自群体间的变异为12.9％，表明群体内家系之间的遗传分化曾经达到过较高的水平。