[目的]PCR-DGGE要求用于分离的片段长度小于500bp,在分子鉴定中短片段的精确度较低；本文建立了一种可提高分子鉴定精度的基于单双链复合体的PCR-DGGE方法用于肠道拟杆菌的研究。 [方法]以DGGE的分离原理为依据构建一种由双链区和单链区组成的单双链复合体(Single-Double-Stranded Complex,SDSC)分子代替DNA双链进行DGGE分析。[结果]采用基于拟杆菌特异性单双链复合体的PCR-DGGE方法分析小鼠肠道拟杆菌获得7条主条带,鉴定为拟杆菌属的5个种(相似度≥98％)；采用传统拟杆菌特异性的16S rDNA可变区V3区片段进行DGGE分析得到1 6条主条带,分子鉴定结果只精确到属水平。[结论]单双链复合体的应用使用于DGGE分离的样品携带的遗传信息更加丰富,从而提高了分子鉴定的精确度；但该方法在一定程度上带来了条带的丢失,优化电泳条件可减少条带丢失。