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本研究对1999年从我国广东地区分离到的一株与1型鸭肝炎病毒无抗原交叉性的新型鸭肝炎病毒GD株全基因组序列测定的结果进行了分析。结果表明，基因组全长7786nt，包括652nt的5’UTR，6756nt的ORF，365nt的3’UTR和12nt的poly(A)尾。ORF编码一个2251aa的聚合蛋白，经3Cpro切割作用分为3个结构蛋白VP0/VP3/VP1和8个非结构蛋白2Al/2A2/2B，2C/3A/3B/3C/3D。GD株基因组核苷酸序列与DHV-1、台湾地区新型DHV、韩国新型DHV和我国广西分离的DHVG株的同源性分别为72.7-73.2％、78.2-78.3％、96.4-96.7％和99.2％。VP1蛋白氨基酸序列的同源性分别为76.9％、80.1-80.5％、92.9-93.3％和98.7％。依据小RNA病毒科肠道病毒属血清型分型标准，GD株与韩国新型DHV和DHVG株属于同一血清型，而与DHV-1和台湾地区新型DHV属于不同的血清型。